Nowy akt w dużej mierze powtarza i porządkuje rozwiązania już wcześniej obowiązujące na mocy wielokrotnie nowelizowanego Prawa wodnego z 18 lipca 2001 r. Wprowadza jednak kilka istotnych modyfikacji.
Istotne zmiany
Mowa przede wszystkim o powołaniu Państwowego Gospodarstwa Wodnego „Wody Polskie", skupiającego większość kompetencji w zakresie wykonywania ustawy. Daleko idącym modyfikacjom ulega system opłat za usługi wodne. Wprowadzono istotne zmiany proceduralne w zakresie ustanawiania stref ochronnych ujęć wody. Z definicji ścieków wyłączono deszczówkę, nie precyzując jednoznacznie trybu jej rozliczania przez przedsiębiorstwa wodociągowo-kanalizacyjne. Jedną z rzadziej komentowanych – a wyjątkowo istotną – zmianą jest tryb oceny i przyznawania odstępstw w zakresie inwestycji mogących wpływać na stan poszczególnych części wód.
W największym skrócie: Prawo wodne wskazuje, że ochrona wód ma doprowadzić do osiągnięcia celów środowiskowych dla jednolitych części wód powierzchniowych i podziemnych oraz dla obszarów chronionych. Wynika to wprost z przepisów dyrektywy 2000/60/WE Parlamentu Europejskiego i Rady z 23 października 2000 r. ustanawiającej ramy wspólnotowego działania w dziedzinie polityki wodnej. Cele zdefiniowano w samej ustawie i scharakteryzowano w trzech rozporządzeniach wykonawczych.
Cele środowiskowe dla konkretnych części wód zostały natomiast przypisane i uszczegółowione w planach gospodarowania wodami dla danego dorzecza.
Weryfikacja zagrożenia
Dosyć oczywistym sposobem ochrony wód jest zapewnienie, aby na danym terenie nie powstało żadne przedsięwzięcie mogące wodom potencjalnie zaszkodzić. Weryfikacja takiego zagrożenia może się odbywać w dwóch trybach: oceny oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko, lub – gdy ta nie jest wymagana – w nowym trybie oceny wodnoprawnej.