Za funkcjonowanie kontroli zarządczej na tym poziomie odpowiada odpowiednio minister kierujący danym działem administracji rządowej oraz wójt (burmistrz, prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa w przypadku samorządu terytorialnego.
Wójt, burmistrz, prezydent miasta, starosta oraz marszałek województwa są odpowiedzialni za zapewnienie adekwatnego, skutecznego i efektywnego systemu kontroli zarządczej w urzędzie gminy (urzędzie miasta), starostwie powiatowym lub urzędzie marszałkowskim, i co niemniej istotne w jednostce samorządu terytorialnego.
W ww. ustawie nie przewidziano szczególnych kompetencji dla wójtów, burmistrzów, prezydentów miast, starostów i marszałków województw w stosunku do jednostek podległych i nadzorowanych z tytułu odpowiedzialności za funkcjonowanie kontroli zarządczej w jednostce samorządu terytorialnego. Zadania te powinny być realizowane w ramach i na podstawie kompetencji przyznanych w przepisach odrębnych.
Biorąc pod uwagę definicję kontroli zarządczej określoną w art. 68 ust. 1 ww. ustawy - kontrolę zarządcza w jednostkach sektora finansów publicznych stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem,efektywny, oszczędny i terminowy - kontrolę zarządcza należy wiązać z zarządzaniem jednostką lub grupą jednostek, zaś za najistotniejszy jej element należy uznać system wyznaczania celów i zadań oraz monitorowania stopnia ich realizacji.
W związku z tym, kontroli zarządczej nie można utożsamiać i ograniczać do czynności kontrolnych wykonywanych przez pracowników komórek kontroli, mimo że takie podejście bywa łączone z pojęciem „kontroli". Kontrola zarządcza jest systemem bardziej złożonym, który ma za zadanie sprawić, aby samorządowa jednostka organizacyjna i jednostka samorządu terytorialnego osiągnęły cele przed nimi postawione.
Przeprowadzanie czynności kontrolnych w samorządowej jednostce organizacyjnej będzie stanowiło tylko niewielką część systemu kontroli zarządczej, pozwalając częściowo zdiagnozować stan obecny. Obowiązek zapewnienia kontroli zarządczej nie zastępuje też uchylonego obowiązku przeprowadzania corocznie kontroli co najmniej 5% wydatków jednostek podległych i nadzorowanych.
