Klaus wystąpił przeciwko nowym unijnym gwarancjom dla Irlandii. Jego zdaniem to, czego usiłuje dokonać Unia Europejska, jest „kwadraturą koła”. Cytowany przez czeski dziennik „Pravo” prezydent podkreślał, że mówienie, iż „ustępstwa (wobec Irlandii – red.) niczego nie zmieniają, jest głupotą”.
„W traktacie lizbońskim zapisano, że nie wszystkie kraje będą miały swojego komisarza, a teraz pojawia się zapewnienie, że będą miały. Każdy normalny człowiek, uczeń pierwszej klasy, wie, że to oznacza zmianę traktatu lizbońskiego” – argumentował.
Według czeskiego prezydenta skoro gwarancje dla Irlandii zmieniają traktat, to powinny zostać oddzielnie przyjęte przez czeski parlament. Co innego mówił prezydent Francji Nicolas Sarkozy, który zapewniał, że gwarancje irlandzkie w żaden sposób nie zmieniają traktatu. Potwierdził to premier Czech Jan Fischer. Protokół „to wyjaśnienie, które nie zmienia ani kropki, ani przecinka w traktacie lizbońskim” – powiedział.
Protokół z gwarancjami dla Irlandii miałby i tak być ratyfikowany, ale nieco później – prawdopodobnie przy okazji poszerzenia Unii Europejskiej o Chorwację. Klaus już wcześniej mówił, że chciałby oddzielnej, wcześniejszej jego ratyfikacji.
Czeski prezydent jest znanym przeciwnikiem traktatu lizbońskiego. Niewykluczone, że wysuwając zastrzeżenia wobec protokołu, chciałby zablokować traktat. W liście do premiera Jana Fischera napisał, że nie podpisze ratyfikacji traktatu lizbońskiego przed parlamentarnym głosowaniem nad protokołem.