Po wprowadzeniu ustaw norymberskich, zawierających między innymi zakaz zawierania małżeństw nie-Aryjczyków z Aryjczykami, wysiłki polityków III Rzeszy, aby ugruntować naukową podstawę dla antysemityzmu, przybrały na sile. Zjazdy populacyjne, kongresy antropologiczne, w których uczestniczyły setki delegatów z różnych krajów, nierzadko otwierane były przez ministra spraw wewnętrznych dr. Wilhelma Fricka, który kilka lat później nadzorował akcje T4 – uśmiercania ludzi psychicznie chorych.
Polscy eugenicy poznali na kongresach eugenicznych: Ernsta Rüdina, Fritza Lenza, Karla Astela, Eugena Fischera i Ottmara von Verschuera – najwybitniejszego specjalistę ds. dziedziczenia. Krakowscy antropolodzy Maria i Kazimierz Stołyhwowie, członkowie towarzystwa eugenicznego, przyjmowali zaproszenia strony niemieckiej, nawet po 1933 r., niezrażeni faktem, że ich uczeni koledzy należą do wysokiego aparatu partyjnego NSDAP. Polski delegat na zjazd populacyjny w Berlinie z 1935 r. Tomasz Janiszewski (były minister i wiceminister zdrowia w latach 1918 – 1923) obwiniał polskich polityków o brak zrozumienia dla zasad higieny rasowej i funduszy na rozbudowę instytutów eugenicznych, kartotek rodowodowych i sądów ds. dziedziczności. Na jednym z niemieckich kongresów antropologicznych w Tybindze w 1938 r. pojawił się cichy, dystyngowany asystent von Versuchera – dr Josef Mengele.
Polscy eugenicy, poza nielicznymi wyjątkami (jak Karol Stojanowski, członek Stronnictwa Narodowego, który łączył eugenikę z antysemityzmem, ale zdystansował się od projektów sterylizacji), nie przejawiali antysemickich uprzedzeń, lecz dla części z nich III Rzesza była krajem, który „śmiało wkroczył na drogę higieny rasowej”. Oskar Bielawski, który jest patronem jednego ze szpitali, wydrukował w prowadzonym przez siebie piśmie „Higiena Psychiczna” tekst nazistowskiej ustawy sterylizacyjnej, w czasie, gdy inni eugenicy prowadzili kampanię na rzecz wprowadzenia w Polsce podobnej ustawy. Kwestia antysemityzmu i ustaw norymberskich znalazła się poza zainteresowaniami polskich eugeników. O prześladowaniach Żydów w III Rzeszy, będących następstwem działalności ekspertów niemieckiej higieny rasowej (eugeniki), ledwie napomykano. Na łamach „Zagadnień Rasy” na temat ustaw nazistowskich pojawiły się eksperckie wypowiedzi wyjątkowo ciemniej postaci – dr Wiktora Ratka, dyrektora szpitala psychiatrycznego Dziekanka k. Gniezna. Po napaści Niemiec na Polskę Ratka stał się volkseutschem i wstąpił do NSDAP. Osobiście typował chorych z własnego szpitala do zagazowania, potem został rzeczoznawcą akcji „14f 13”. Kryptonim akcji pochodził od skrótu, którego używała administracja – SS w obozach koncentracyjnych. 14 f oznaczała śmierć więźnia, 13 – gazowanie w ramach akcji T4. W obozach dokonywano selekcji zdolnych i niezdolnych do pracy. Druga kategoria trafiała do komór gazowych. Dokładnie ten sam personel medyczny dokonujący zbrodni eutanazji na terenie Niemiec i Polski przeprowadzał selekcje więźniów w obozach.
Przywołany wypadek kolaboracji z Niemcami był skrajny i wyjątkowy. Zdecydowana większośc polskich eugeników padała ofiarą niemieckiej higieny rasowej. Polscy psychiatrzy, jak Karol Mikulski czy Władysław Sterling, zginęli razem ze swoimi pacjentami, antropolodzy jak Kazimierz Stołyhwo, Stanisław Żejmo-Zejmis czy Martyna Gryglaszewska Puzyninia zostali zesłani do obozów koncentracyjnych. Gryglaszewska została wypatrzona przez Josefa Mengele i zmuszona do asystowania mu w jego eksperymentach. Po wojnie złożyła obciążajace go zeznania w procesie norymberskim. Stołyhwo, którego zwolniono z obozu koncentracyjnego Sachsenhausen za wstawiennictwem włoskiego antropologa – Fabio Frassetto, nie mógł zrozumieć, dlaczego w ogóle trafił do obozu. Argumentował, że przecież nie prowadził działalności politycznej, a z uczonymi niemieckimi współpracował przez 36 lat i, jak stwierdzał, współpraca ta pod koniec lat 30. nawet się zacieśniła.
Po II wojnie światowej niemal wszyscy aktywni członkowie przedwojennego towarzystwa eugenicznego powoływali się na swoje przedwojenne publikacje, w których rzekomo rozprawiali się z rasizmem. W rzeczywistości ich stosunek do polityki i nauki w III Rzeszy był dwuznaczny. III Rzesza bowiem dała eugenikom niemieckim to, co dla polskich eugeników było od początku niespełnionym marzeniem – władzę polityczną i możliwość realizowania swych koncepcji.
Wybitny historyk, Benno Müller-Hill, powiedział, że eugenika stanowiła: „... Mieszankę wybuchową pomiędzy czymś, co możemy nazwać twardą nauką, to jest genetyką człowieka, a sferą politycznego działania (...) Z jednej strony genetycy potrzebowali polityków, żeby wprowadzić w życie swoje idee. Z drugiej jednak strony Hitler i naziści potrzebowali naukowców, którzy mogli powiedzieć, że antysemityzm ma naukowe podstawy teoretyczne”.
