Ustawa z 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody stanowi, że zezwolenie na usunięcie drzewa lub krzewu z terenu nieruchomości wydaje wójt, burmistrz, prezydent miasta. A gdy zezwolenie dotyczy usunięcia drzewa lub krzewu z terenu nieruchomości wpisanej do rejestru zabytków – wojewódzki konserwator zabytków.
W orzecznictwie sądów administracyjnych przyjęto, że jeżeli wycinka ma być prowadzona na terenie nieruchomości indywidualnie wpisanej do rejestru zabytków, to zgodę na nią wydaje właściwy wojewódzki konserwator zabytków. Jako przykład wskazać można postanowienie NSA z 5 stycznia 2007 r. (sygn. II OW 52/06), w którym czytamy, że sam fakt wpisania nieruchomości do rejestru zabytków, a nie uznanie składnika przyrody (to jest drzewa lub krzewu) za zabytek, przesądza o właściwości rzeczowej wojewódzkiego konserwatora zabytków do wydania zezwolenia na usunięcie drzew lub krzewów.
Powstał jednak spór o to, kto wydaje decyzję w sytuacji, gdy wpis do rejestru dotyczy nie indywidualnie oznaczonej nieruchomości, lecz zespołu budynków, np. układu urbanistycznego.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego dotyczącym zgody na usunięcie drzew lub krzewów z terenów wpisanych do rejestru zabytków jako układ urbanistyczny pojawiły się dwa poglądy.
Zgodnie z pierwszym to konserwator zabytków będzie zawsze organem właściwym do wydawania zgody na wycinkę. Przykładowo w postanowieniu NSA z 29 maja 2009 r. (sygn. II OW 18/09) czytamy, że w sytuacji gdy zabytkiem nieruchomym wpisanym do rejestru jest cały układ urbanistyczny miasta obejmujący budynki i otaczające je treny, to brak podstaw prawnych do odmiennego potraktowania części składowych poszczególnych nieruchomości w świetle przepisów ustawy o ochronie przyrody. NSA opowiedział się więc w tym postanowieniu za kompetencją konserwatora do wydawania zgody na wycinkę drzew lub krzewów z terenu objętego ochroną konserwatorską.