Zarząd Stowarzyszenia Sędziów Polskich „Iustitia" w uchwale podjętej 27 czerwca 2012 r. stwierdził, że sposób wprowadzenia w życie zasad kontroli zarządczej w sądach budzi podejrzenia co do tego, że nie jest adekwatny dla tego rodzaju jednostek oraz stanowi zagrożenie dla niezawisłości sędziów i niezależności sądów.
Art. 9 ustawy z 27 lipca 2001 r. Prawo o ustroju sądów powszechnych stanowi, iż nadzór administracyjny nad działalnością sądów, o której mowa w art. 8 pkt 1, sprawuje Minister Sprawiedliwości, na zasadach określonych w dziale I rozdziale 6 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych. Tym samym kontrola zarządcza, o której mowa w ww. przepisie ogranicza się do kompetencji wynikających z art. 68 i kolejnych ustawy o finansach publicznych, a zatem w zakresie wymiaru sprawiedliwości może dotyczyć jedynie czynności o charakterze stricte administracyjnym.
Zgodnie z art. 69 ust. 2 ustawy o finansach publicznych, Minister Sprawiedliwości zapewnia funkcjonowanie adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej w kierowanym przez niego dziale administracji rządowej, w zakresie spraw niezastrzeżonych odrębnymi przepisami do kompetencji innych organów państwowych i z uwzględnieniem zasady niezawisłości sędziowskiej. W myśl tego artykułu - zdaniem Iustitii - kompetencje Ministra Sprawiedliwości, w zakresie sprawowania kontroli zarządczej nie mogą dotyczyć działalności orzeczniczej, jako zagwarantowanej i przypisanej konstytucyjnie sądom powszechnym jako III władzy. Co więcej, zgodnie z ugruntowanym stanowiskiem doktryny, kontrola zarządcza Ministra Sprawiedliwości w stosunku do sądów dotyczy jedynie ich funkcjonowania jako jednostek organizacyjnych w stosunku do których Minister Sprawiedliwości jest dysponentem wyższego stopnia środków publicznych.
Iustita zwróciła ponadto uwagę na zapis art. 70 ustawy o finansach publicznych, z którego wynika, że minister kierujący działem sporządza, do końca listopada każdego roku, plan działalności na rok następny dla kierowanych przez niego działów administracji rządowej. Plan działalności, sprawozdanie z wykonania planu działalności oraz oświadczenie o stanie kontroli zarządczej podlegają publikacji w Biuletynie Informacji Publicznej.
Jak zauważyło Stowarzyszenie, Minister Sprawiedliwości nie wykonał nałożonego na niego obowiązku, albowiem nie opublikował planu działalności na rok 2012 w związku z czym, wszelkie działania osób kierujących sądami mające na celu realizację tego obowiązku wydają się być pozbawione podstawy normatywnej. - Niezależnie od powyższego wyrywkowa analiza przedstawionych Stowarzyszeniu planów kontroli zarówno za 2012 r., lata 2010-2011 oraz innych zarządzeń nadzorczych prowadzi do wniosku, iż wydają się one wkraczać w działalność orzeczniczą sądów godząc tym samym w zasadę niezawisłości sędziowskiej np. poprzez ustalanie ilości wokand lub spraw na wokandzie albo też kolejności rozpoznawania spraw, czy też odnosząc się do sprawności ich rozpoznawania - stwierdziła Iustitia.