Kiedy w 2005 roku SLD chyliło się ku upadkowi, Małkowski rzucił legitymacją partyjną. Na zjeździe partii krzyczał: – Odchodzę, bo nie walczycie z korupcją.
Polityk SLD: – To całe gadanie o korupcji to był tylko pretekst. Małkowski odszedł, bo wiedział, że pod szyldem SLD nie uda mu się już wygrać wyborów.
Latem 2006 roku Małkowski zakłada własny komitet wyborczy Po Prostu Olsztyn.
– To są bezpartyjni fachowcy – przekonywał wtedy. Prawica znów do wyborów staje podzielona i Małkowski wygrywa w pierwszej turze.
– Nie da się ukryć, że w kampanii pomógł mu bardzo Kościół – opowiada działacz SLD.
Małkowski, jak tylko został prezydentem, zaczął się pokazywać z dostojnikami kościelnymi. Księża dostawali od niego fundusze na oświetlenie kościołów czy remont organów. Co tydzień do najważniejszych świątyń Małkowski wysyłał kwiaty. Na Kościół przez sześć lat rządów Małkowskiego poszło kilka milionów złotych.
W 2007 roku dał też 25 tys. zł na obchody rocznicy założenia „Posłańca Warmińskiego”, pisma wydawanego przez kurię. W latach 80. Małkowski zajmował się jego cenzurowaniem.
Tuż przed Bożym Narodzeniem 2007 roku w „Posłańcu” ukazuje się sponsorowany artykuł. Płaci ratusz, a Małkowski opowiada w nim o rodzinnych świętach.
W 2006 roku Małkowski wygrywa wybory, ale w radzie nie ma wystarczającego poparcia. Dziesięciu radnych ma PO, sześciu PiS, czterech LiD i pięciu komitet prezydenta Po Prostu Olsztyn. – Małkowski zaproponował nam utworzenie koalicji i stanowiska wszystkich wiceprezydentów – wspomina Dąbkowski.
Z komitetu Małkowskiego do rady miasta wszedł Grzymowicz, dotychczasowy wiceprezydent Olsztyna. Dzięki jego zaangażowaniu powstały nowe inwestycje. Małkowski tylko przecinał wstęgi. – Przed wyborami mówił mi, że zostanę ponownie wiceprezydentem. Po wyborach pytam go, czy nic się nie zmieniło. Zapewniał, że nie – wspomina Grzymowicz.
O tym, że nie będzie wiceprezydentem, dowiedział się od dziennikarzy. – Stało się to już po tym, jak zrzekłem się mandatu radnego. Poszedłem do Małkowskiego i pytam go, a on mówi mi: wiesz, ja muszę się z nimi dogadać, bo inaczej oni mnie w radzie zablokują – wspomina Grzymowicz.
Ostatecznie Małkowski nie odwołuje Grzymowicza. Po pół roku Grzymowicz zwołuje konferencję prasową i ze szczegółami opowiada o ustawionych konkursach na nowych pracowników i o nieprawidłowościach w inwestycjach. Olsztyńscy prokuratorzy wzywają Grzymowicza, by powiedział jeszcze raz to samo, ale do protokołu. Śledczy prowadzą w tym czasie już kilka spraw dotyczących Małkowskiego. Zeznania Grzymowicza mogą być dla nich kluczowe. To pierwszy przypadek, kiedy bliski współpracownik Małkowskiego zeznaje przeciwko niemu. – Ale rozczarowaliśmy się. Wiemy, że Grzymowicz wie dużo więcej, ale z jakichś przyczyn nam o wszystkim nie powiedział – mówi olsztyński prokurator.
Dziś śledztwo w sprawie Małkowskiego prowadzone jest w Prokuraturze Okręgowej w Łomży. Śledczy twierdzą, że jest bardzo rozwojowe.Jest jesień 2007 roku. Małkowskim zaczyna się interesować CBŚ. Za prezydentem Olsztyna chodzi też ABW. Agenci przychodzą nawet na sesje rady miasta.
21 stycznia „Rzeczpospolita” w tekście „Skandal w magistracie” ujawnia, że Małkowski mógł zgwałcić jedną z urzędniczek, inne oskarżają go o molestowanie seksualne. Wybucha afera. Małkowski twierdzi, że jest niewinny. W połowie marca zatrzymuje go białostocka prokuratura. Śledczy stawiają mu zarzut zgwałcenia ciężarnej urzędniczki.
Prezydent trafia do aresztu. W olsztyńskiej katedrze odprawiana jest msza w intencji Małkowskiego. Za pokrzywdzone kobiety księża już nie chcą się modlić. Nie chcą się też tłumaczyć z kontaktów z Małkowskim.
– Nie żałujemy koalicji z prezydentem Olsztyna. To było jedyne wyjście, jakie można było zrobić w 2007 roku, by Olsztyn się rozwijał – mówi z kolei Tomasz Głażewski, wiceprezydent Olsztyna i szef PO w Olsztynie.
Przyjaciel Małkowskiego z czasów SLD: – Dla władzy był gotowy zrobić wszystko. Szedł do niej po trupach. W partii mówiliśmy na niego Pinochet.
Czy powinien wrócić do ratusza?
– Nawet gdyby okazał się niewinny i czysty jak łza, to jego historia w tym mieście się skończyła. W polityce nie ma już dla Małkowskiego miejsca
– kończy jego przyjaciel.