Zaledwie cztery miesiące po objęciu funkcji prefekta seminarium przez księdza Pietraszkę [Jana Pietraszkę – red.] Książę Metropolita powierzył mu dodatkową misję: opiekę duszpasterską nad studentami przy kolegiacie uniwersyteckiej Świętej Anny. Widocznie uważał, że ten „pokorny i świątobliwy" kapłan podoła wszystkim obowiązkom, a nade wszystko – znajdzie wspólny język z młodzieżą i uczonymi. Dzisiaj możemy z całą pewnością stwierdzić, że się nie pomylił. Posługa duszpasterska księdza Pietraszki dla młodzieży akademickiej oraz inteligencji stanowi jego największy i najbardziej oryginalny wkład w dzieje Kościoła polskiego po drugiej wojnie światowej, a ściśle mówiąc – w odrodzenie i pogłębienie życia religijnego. (...)
Ksiądz arcybiskup Sapieha [Adam Stefan Sapieha – red.], dbający zawsze o rozwój kultury chrześcijańskiej, już w 1927 roku utworzył kanonię akademicką przy kolegiacie Świętej Anny. Do wybuchu wojny pracowało tam dwóch kapelanów: ksiądz Stanisław Sapiński i ksiądz Tadeusz Kurowski. Ten ostatni w 1945 roku został przeniesiony do kościoła Świętego Floriana, dokąd zaczęła uczęszczać mała grupa związanych z nim studentów. Warto przypomnieć, że gdy w styczniu 1948 roku ksiądz Pietraszko rozpoczynał duszpasterstwo u Świętej Anny, pełnił nadal funkcję prefekta seminarium. Trzeba zatem podziwiać pracowitość tego delikatnego księdza, który nigdy nie był „zagoniony", i każdy, kto do niego przychodził, odnosił wrażenie, że ma dla niego dużo czasu, nikogo nie zbywał, tłumacząc się rozlicznymi zajęciami, co dzisiaj rzadko się zdarza aktywnym kapłanom.
Początek jego posługi w kolegiacie uniwersyteckiej zbiega się w czasie z nasileniem terroru komunistycznego i prześladowania Kościoła. Przyszło mu działać w sytuacji politycznej i społecznej, której mechanizmów nikt jeszcze wtedy nie znał i nie mógł przewidzieć jej rozwoju. Musiał zatem wypracować zupełnie nowy model duszpasterstwa, dostosowany do sytuacji, w jakiej znaleźli się katolicy jako obywatele, którzy – jak to sam określił – nie byli „na linii urzędowo aprobowanego myślenia". Ksiądz Jan nigdy nie opracowywał przy biurku długofalowych programów duszpasterskich, lecz w oparciu o wielowiekową tradycję Kościoła i Ewangelię podejmował decyzje i rozwiązywał problemy, jakie się pojawiały. W ciężkich, beznadziejnych latach czterdziestych napawał słuchaczy nadzieją płynącą z nauczania Chrystusa. Rzucał światło w ciemną noc komunizmu i przyciągał młodych do ołtarza, aby tutaj poczuli się bezpiecznie i rodzinnie. Nie tworzył żadnych struktur organizacyjnych, lecz przestrzeń wolności z Eucharystią jako centrum.
Dyskretnie, ale zdecydowanie
Taka metoda okazała się zbawienna po likwidacji katolickich organizacji młodzieżowych w 1949 roku. Czerpał siłę z modlitwy, a program – z Ewangelii i Magisterium Kościoła. Troska o człowieka i duszpasterska intuicja dyktowały mu konkretne inicjatywy i praktyczne rady w sprawach duchowych i materialnych. Dzielił ze studentami ich codzienne troski i radości, modlił się z nimi i chodził na wycieczki, dużo z nimi rozmawiał, a w rozmowach i w konfesjonale codziennie „uczył się", jakby powiedział Liebert [Jerzy Liebert, poeta - red.], każdego powierzonego mu człowieka. W ten sposób powstał oryginalny model duszpasterstwa, a jego twórca stał się mistrzem wielu kapłanów, między innymi Karola Wojtyły.
Dla zagubionych w nowej sytuacji młodych ksiądz Pietraszko stał się kierownikiem duchowym i wielkim autorytetem we wszystkich życiowych sprawach. Prowadził ich dyskretnie, ale zdecydowanie, jak miłujący i wymagający ojciec, dbając o to, żeby się niepotrzebnie nie narażali na prześladowania, które z coraz większą siłą prowadziły komunistyczne władze. Dzięki takiej postawie księdza różnorakie utrudnienia, przesłuchania, nachalna inwigilacja funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa oraz ich współpracowników nie zdołały oddalić młodych od Kościoła oraz kapelana.
