Wspomniane regulacje zostały stworzone w czasie, kiedy dokumentacja celna funkcjonowała jedynie w wersji papierowej.
Tymczasem 31 sierpnia 2007 r. polscy eksporterzy uzyskali możliwość dokonywania elektronicznych zgłoszeń celnych w systemie ECS. Od 1 lipca 2009 r. zgłoszenia wywozowe w formie elektronicznej stały się obligatoryjne. Tym samym, rolę dokumentu wystawianego przez organy celne na potwierdzenie wywozu towarów poza terytorium Wspólnoty przejął komunikat IE-599 (sporządzany w wersji elektronicznej).
[b]Zmiana przepisów celnych nie poszła w parze ze zmianą przepisów podatkowych. Ministerstwo Finansów wydało jedynie informację dotyczącą potwierdzania wywozu towarów poza terytorium Wspólnoty dla potrzeb VAT. [/b]
Wskazano w niej, że w przypadku eksportu bezpośredniego za dokument potwierdzający wywóz towarów poza terytorium Wspólnoty należy uznać elektroniczny komunikat IE-599 przesłany przez urząd celny. W odniesieniu do eksportu pośredniego stwierdzono, iż właściwy urząd celny powinien potwierdzić wywóz towarów poza terytorium Wspólnoty przez fizyczne wydanie zgłaszającemu potwierdzenia wywozu towarów poza terytorium Wspólnoty, polegające na wydruku komunikatu IE-599 oraz zamieszczeniu na nim pieczęci i podpisu.
Stanowisko to potwierdzają organy podatkowe i sądy administracyjne. Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 1 grudnia 2009 r. (IPPP2/443-1077/09-2/IK) wskazał, że „kopią dokumentu, o którym mowa w ww. art. 41 ust. 11 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=17D1F175CBC1000681743E9D550EDE8C?n=1&id=172827&wid=337454]ustawy o VAT[/link], jest uwierzytelniony wydruk komputerowy (uwierzytelniony przez urząd celny).
Natomiast [b]komunikat IE-599 przesłany w formie pliku XML nie stanowi kopii dokumentu elektronicznego, bo nie zawiera informacji, że jest to kopia oraz kto i kiedy ją sporządził [/b](...). W świetle powyższego komunikat IE-599 w formie pliku XML przesłany zwykłą pocztą elektroniczną przez eksportera bezpośredniego do wnioskodawcy nie stanowi wiarygodnego dokumentu (...)”.