Edukacja w przedszkolach i szkołach musi być wolna od wątków wyznaniowych. Istnieją jednak wyjątki.
Są to niepubliczne szkoły o profllu religijnym; podstawówki i gimnazja chrześcijańskie, muzułmańskie oraz żydowskie.
Inspekcja Szkolna ma do tych placówek wiele zastrzeżeń, m.in., że nie uczą przedmiotu seks i współżycie, nie organizują zajęć w mieszanych grupach uczniów i uczennic. Krytykuje również to, że nauczyciele traktują biblijne stworzenie świata jako teorię ewolucji. Dyrektorzy zaś wplatają wątki religijne w program biologii czy języka ojczystego (do którego ma prawo każdy uczeń mówiący w domu innym językiem niż szwedzki).
Inspekcja zarzuca też podważanie zasady dobrowolności udziału dzieci w modlitwach. Okazuje się bowiem, że niektórzy uczniowie zostają do tego namawiani. „Zasada dobrowolność jest ważna i nie wydaje się, by była zawsze przestrzegana. Tu chodzi o prawo dziecka do wyznawania swojej wiary, ale także o to, by mogło też powiedzieć „nie" – tłumaczy Lars Arrhenius, prawnik i autor rządowego raportu o nowych przepisach dla szkół wyznaniowych.
Do spektrum problemów szkół niepublicznych dochodzą również inne czynniki. Na przykład wysoce kontrowersyjne kierownictwo mające powiązania z islamistycznym ektremizmem.