Przepisy prawa procesowego regulują kwestie wykonania orzeczeń sądowych w sposób szczegółowy, począwszy od wskazania terminu dla załatwienia sprawy, a także obowiązku respektowania przez organ oceny prawnej i wskazań sądu co do dalszego postępowania. Niepodporządkowanie się wskazaniom sądu zawartym w uzasadnieniu wyroku stanowi podstawę do uchylenia decyzji w razie złożenia skargi przez stronę niezadowoloną z rozstrzygnięcia. Zdarza się, że sprawa dwu- lub trzykrotnie wraca do sądu, bo organ nie chce uznać wskazanego w uzasadnieniu decyzji kierunku wykładni przepisu prawa będącego podstawą rozstrzygnięcia. Sąd administracyjny może jedynie po raz kolejny uchylić decyzję i przekazać sprawę do ponownego rozpoznania oraz poinformować w drodze postanowienia właściwe organy lub ich organy zwierzchnie o uchybieniach organu.
Poza tymi instrumentami oraz zawartą w art. 154 § 2 ppsa możliwością orzeczenia o istnieniu lub nieistnieniu uprawnienia lub obowiązku, jeżeli pozwala na to charakter sprawy oraz niebudzące uzasadnionych wątpliwości okoliczności jej stanu faktycznego i prawnego, sąd nie ma żadnych możliwości wymuszenia na organie egzekucji wyroku. Należy jednocześnie wskazać, że mimo iż spełnione są wymogi art. 154 § 2 ppsa, sądy administracyjne nie decydują się na korzystanie z możliwości w nim zawartych. Mamy tu więc do czynienia z brakiem symetrii między prawnymi możliwościami egzekucji wyroku wobec obywatela (tu regulacja jest kompletna) i egzekucji wyroku przez obywatela wobec organu władzy publicznej. Egzekucja wyroku wobec organów władzy publicznej w istocie jest uzależniona od kultury prawnej administracji publicznej.
Jak usprawnić egzekucję
Rozważenia wymaga wzmocnienie instytucjonalnej ochrony egzekucji wyroków i tym samym ochrony praw jednostki, np. poprzez przyznanie sądom kompetencji do nakładania grzywien za niewykonanie wyroku także z własnej inicjatywy, a nie tylko na wniosek strony – jak to jest dzisiaj. Liczba grzywien wymierzonych w tym trybie wzrasta systematycznie, a na niektóre organy nakładana jest wielokrotnie. Skuteczność zastosowania tego środka represji wobec organu jest znikoma. Być może dlatego, że w konsekwencji grzywnę płaci podatnik, a zatem nie jest ona dolegliwa dla osoby odpowiedzialnej za naruszenie prawa.
Kolejnym instrumentem kontroli działalności administracji publicznej jest możliwość odrębnego zasygnalizowania organom nadzorującym o rażącym naruszeniu prawa przez organ prowadzący postępowanie administracyjne. Postanowienia sygnalizacyjne podejmowane są najczęściej w sytuacji powtarzających się naruszeń prawa przez organ lub gdy skład orzekający uzna, że o działaniu organu z uwagi na charakter naruszenia należy poinformować organ nadzorujący. Prezes NSA lub skład orzekający, występując z sygnalizacją informującą o rażącej przewlekłości postępowania lub o innych przykładach rażącego naruszenia prawa przez organy podległe, oczekuje na takie działania organu, które wyeliminują tego typu nieprawidłowości, bo taki miał cel ustawodawca, wprowadzając tę instytucję do procedury sądowoadministracyjnej. Organy zwierzchnie wprawdzie udzielają sądom wyjaśnień i informują o podejmowanych działaniach, jednakże ich skuteczność można ocenić poprzez działalność orzeczniczą sądów administracyjnych i ocena ta nie jest zadowalająca, w szczególności w sferze nadzoru budowlanego i egzekucji wyroków sądów administracyjnych.
Sąd, na wniosek strony, może także nałożyć na organ grzywnę za naruszenie terminu przekazania skargi do sądu wraz z aktami i odpowiedzią na skargę. Liczba wymierzonych grzywien w tym trybie wzrasta z roku na rok i dotyczy w większości tych samych organów. W roku minionym jednemu z organów administracji publicznej wymierzono 14 grzywien w łącznej wysokości 34 342,42 zł zapłaconych z publicznych pieniędzy.
Podsumowując ten wątek, działalność organów administracji publicznej w zakresie kontrolowanym przez sądy administracyjne budzi zastrzeżenia. Działania NSA umożliwiające organom nadrzędnym nadzorowanie działalności podległych im jednostek w postaci postanowień sygnalizacyjnych, informacji na stronach internetowych sądów administracyjnych nie spełniają w sposób zadowalający zamierzonych celów.