W konsekwencji wydatki ponoszone przez najemcę na ulepszenie wynajmowanego lokalu mogą zostać zaliczone w poczet kosztów podatkowych poprzez odpisy amortyzacyjne.
Odwołując się do generalnej zasady z art. 16a ustawy o CIT i art. 22a ustawy o PIT, amortyzacji podlegać może inwestycja w obcym środku trwałym, która wykorzystywana jest przez przedsiębiorcę na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej. Powyższe implikuje fakt, iż w sytuacji, gdy umowa najmu zostanie rozwiązana bądź z innych przyczyn przestanie obowiązywać, związek ten nie będzie występować, a w konsekwencji podatnik nie będzie miał prawa do dalszej amortyzacji. W takim wypadku możliwe jest jednak, mając na uwadze art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy o CIT i art. 23 ust. 1 pkt 6 ustawy o PIT, zaliczenie w poczet kosztów uzyskania przychodów strat powstałych w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą z innego powodu aniżeli zmiana rodzaju działalności (w powyższym zakresie por. uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 25 czerwca 2012 r., sygn. II FPS 2/12; wyrok NSA z 21 czerwca 2012 r., sygn. II FSK 2357/10; wyrok WSA w Krakowie z 25 kwietnia 2012 r., sygn. I SA/Kr 354/12; interpretację indywidualną dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 6 września 2013 r., nr IPPB3/423-566/13-2/MS1).
Jak już zostało wskazane, wątpliwości podatników może budzić kwestia skutków podatkowych zwrotu poniesionych na wynajmowany lokal nakładów, dokonana przez wynajmującego zgodnie z normą art. 676 k.c.
Koszt podatkowy
Na gruncie podatków dochodowych skutki podatkowe związane ze zwrotem nakładów będą generalnie uzależnione od tego, czy wydatki zwracane przez wynajmującego podlegały zaliczeniu do kosztów podatkowych czy też nie. Zwrot nakładów co do zasady nie będzie skutkował powstaniem przychodu w wysokości odpowiadającej niezamortyzowanej wartości inwestycji w obcym środku trwałym. Konstatacja ta wynika z dyspozycji art. 12 ust. 4 pkt 6a ustawy o CIT. Powyższa regulacja wskazuje, że do przychodów nie zalicza się zwróconych wydatków niezaliczonych do kosztów uzyskania przychodów. Zatem jedynym warunkiem niezaliczenia zwróconych wydatków do przychodów jest uprzedni brak zaliczenia tychże wydatków do kosztów uzyskania przychodów. Powyższe potwierdzają organy podatkowe i sądy administracyjne (por. interpretację indywidualną dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 21 lipca 2013 r., nr IPPB3/423-370/13-2/GJ; interpretację indywidualną dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 4 stycznia 2012 r., nr IBPBI/2/423-1219/11/AP).
W konsekwencji w przypadku zwrotu poczynionych nakładów inwestycyjnych przychodem będzie jedynie ta część otrzymanego od wynajmującego zwrotu, która przekracza niezaliczoną do kosztów uzyskania przychodów niezamortyzowaną część wartości początkowej inwestycji w obcym środku trwałym.
Zwrot poniesionych przez najemcę nakładów na wynajmowany lokal może także wywoływać wątpliwości w zakresie kwalifikacji tej czynności na gruncie podatku od towarów i usług. Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Przez odpłatną dostawę towarów na terytorium kraju rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel (art. 7 ust. 1 in principio ustawy o VAT). Należy w tym miejscu podkreślić, że z punktu widzenia prawa podatkowego nakłady poniesione przez najemcę na wynajmowany lokal z mocy prawa od samego początku należą do właściciela nieruchomości (por. wyrok WSA w Łodzi z 10 marca 2010 r., sygn. I SA/Łd 7/10). W rezultacie przy przeniesieniu prawa do nakładów nie dochodzi do przeniesienia prawa do dysponowania towarem jak właściciel, ponieważ przedmiot najmu przez cały okres trwania tego stosunku pozostaje własnością wydzierżawiającego. Czynność przeniesienia poniesionych nakładów inwestycyjnych na nabywcę nie jest dostawą towarów, nie mieści się bowiem w definicji towaru zawartej w art. 2 pkt 6 ustawy o VAT, zgodnie z którą przez pojęcie towarów rozumie się rzeczy oraz ich części, a także wszelkie postacie energii.