Złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty co do zasady wszczyna postępowanie, które kończy się decyzją o stwierdzeniu nadpłaty bądź też decyzją odmawiającą jej stwierdzenia.
W uchwale składu siedmiu sędziów NSA z 27 stycznia 2014 r. (sygn. akt II FPS 5/13) wskazano, że „w przypadku zakwestionowania prawidłowości skorygowanej deklaracji podatkowej złożonej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, zgodnie z art. 75 § 3 ordynacji podatkowej, organ podatkowy nie ma obowiązku przed rozpatrzeniem tego wniosku wszczynać w każdej sprawie postępowania celem określenia wysokości zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 21 § 3 ww. ustawy". NSA wskazał zatem, że nie ma obowiązku wszczynania odrębnego, obok postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty, postępowania wymiarowego, jednak dopuścił taką możliwość.
Niepotrzebne koszty
Doświadczenie wskazuje, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty, o ile nie jest to przypadek wskazany w art. 75 § 4, tj. niebudząca wątpliwości korekta deklaracji podatkowej, skutkuje wszczęciem dwóch odrębnych postępowań, co zdecydowanie wydłuża czas trwania procesu stwierdzenia nadpłaty bądź jej odmowy, a także znacznie zwiększa koszty postępowań, zarówno po stronie organów podatkowych, jak i podatników.
O ile nie budzi wątpliwości to, że prawidłowe określenie wysokości zobowiązania podatkowego przed wydaniem decyzji dotyczącej stwierdzenia nadpłaty jest niezbędne, o tyle jednak brak jest racjonalnego powodu dla rozdzielania tych postępowań, skoro przedmiotem rozpatrzenia jest ten sam stan faktyczny, za ten sam okres podatkowy, a postępowania są prowadzone przez ten sam organ podatkowy.
W konsekwencji rozdziału na dwa odrębne postępowania zostają wydane w jednej sprawie dwie decyzje administracyjne. Oznacza to, że w przypadku wniesienia odwołania od decyzji oraz skargi i skargi kasacyjnej przez podatnika w jednej de facto sprawie w tożsamym stanie faktycznym będą prowadzone nie tylko dwa równoległe postępowania przed organem podatkowym I instancji, ale również dwa równoległe postępowania przed organem II instancji, a następnie dwa postępowania przed WSA oraz dwa postępowania przed NSA, w konsekwencji czego zostaną wydane cztery decyzje administracyjne oraz cztery wyroki sądowe. W takim przypadku w każdej instancji ta sama sprawa jest dwukrotnie badana, podatnik zaś w postępowaniu przed sądami administracyjnymi musi dwukrotnie opłacić wpis sądowy przed każdą instancją sądową.