Uczeni mieli tam wysłuchać wykładu dowódcy SS o stosunku III Rzeszy i narodowego socjalizmu do zagadnień nauki i szkolnictwa wyższego. Müller przybył na spotkanie w asyście policji i zamiast wyjaśnień aresztował zgromadzonych – w sumie hitlerowcy aresztowali 183 profesorów i wykładowców krakowskich uczelni: 155 z Uniwersytetu Jagiellońskiego, 22 z Akademii Górniczej oraz trzech z Akademii Handlowej.
Zamiast zapowiedzianej prelekcji w Collegium Novum uczeni usłyszeli od Brunona Müllera, który przeprowadził tę akcję, że Uniwersytet Krakowski był zawsze ośrodkiem antyniemieckim i z tych względów zostanie zamknięty, a profesorowie skierowani do obozu koncentracyjnego. Zapowiedź ta została zrealizowana.
Przeprowadzona 76 lat temu Sonderaktion Krakau była jedną z najdramatyczniejszych akcji przeciwko polskiej inteligencji. Aresztowani najpierw trafili do krakowskiego więzienia na Montelupich, potem do koszar 20. pułku piechoty przy ul. Mazowieckiej, a później do więzienia we Wrocławiu.
W międzyczasie, w wyniku akcji Polskiego Czerwonego Krzyża, zwolniono kilkunastu aresztowanych, m.in. prawnika Fryderyka Zolla i profesorów ukraińskich.
27 listopada więźniów przewieziono do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen niedaleko Berlina. Wskutek międzynarodowego poruszenia Niemcy zwolnili część więźniów z obozu w Sachsenhausen – jak zwracają uwagę historycy, był to jedyny taki przypadek w dziejach niemieckich obozów koncentracyjnych.
