Zarzuty sformułowane przez Piotra Gontarczyka w artykule „Krucjata Komitetu Helsińskiego w Polsce” („Rzeczpospolita” z 17 września 2008) pod adresem Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka i Komitetu Helsińskiego, a nawet Komitetu Nauk Historycznych PAN są bardzo ogólnie, a przede wszystkim bardzo emocjonalnie sformułowane. Dlatego do dużej części z nich nie sposób, bądź wręcz nie wypada, nam się odnosić.
Zadaniem Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka jest obrona praw człowieka bez względu na to, jaka instytucja publiczna czy prywatna lub osoba swym postępowaniem prawom tym zagraża.
W swoich działaniach kierujemy się wyłącznie dyrektywą ochrony tych praw, nie zaś względami politycznymi. Tak było od chwili powstania fundacji. Tak jest też obecnie i dotyczy to również stanowiska Komitetu Helsińskiego i wystąpienia Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka do Komitetu Nauk Historycznych PAN. Nie domagamy się ograniczenia wolności badań naukowych z zakresu historii PRL. Wyrażamy natomiast nasze głębokie zaniepokojenie i chęć wyjaśnienia do końca sytuacji wynikającej zarówno z regulacji prawnych, jak i określonej praktyki, w której jeden organ władzy publicznej gromadzi w swych rękach funkcje, których wykonywanie może prowadzić do konfliktu interesów i naruszania zasad konstytucyjnych.Instytut Pamięci Narodowej oprócz działalności edukacyjnej, w ramach której prowadzi badania naukowe i publikuje ich wyniki, wykonuje również funkcje prokuratora w postępowaniach lustracyjnych, przygotowując materiały procesowe w sprawach, których przedmiot pokrywa się z materią badań naukowych. Taka dwoista rola, jak pokazała praktyka, nie jest do pogodzenia w ramach jednej instytucji.
Piotr Gontarczyk zarzuca nam, że nie walczymy o konstytucyjnie chronioną wolność prowadzenia badań naukowych. To nieprawda. Podnoszony przez nas problem polega na tym, że badania naukowe są prowadzone oraz publikowane przez organ władzy publicznej, który jednocześnie zajmuje się działalnością lustracyjną.
Helsińska Fundacja Praw Człowieka nie ocenia trafności wniosków badań naukowych przeprowadzonych przez autorów. Uznaje jedynie za niedopuszczalne połączenie w jednej instytucji publicznej ról, których nie można ze sobą pogodzić: badacza naukowego oraz prokuratora lustracyjnego. Nie jest przy tym istotne, że pan Piotr Gontarczyk osobiście nie zajmuje się oskarżaniem w procesach lustracyjnych, choć trudno uznać, że nie ma – jako zastępca dyrektora pionu lustracyjnego IPN – wpływu na kształt tej działalności.