Należy podkreślić, że do wskazanych wyżej terminów nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 35 § 5 k.p.a.). Postępowanie w sprawie decyzji ustalającej warunki zabudowy może zatem trwać – i w praktyce często trwa – dłużej niż jeden albo dwa miesiące, np. gdy konieczne okaże się usunięcie przez wnioskodawcę braków we wniosku, złożenie przez niego dodatkowych wyjaśnień albo wystąpią okoliczności, które zobowiązują organ do zawieszenia postępowania, o których mowa w art. 97 § 1 k.p.a. Dodatkowo postępowanie ulegnie wydłużeniu, gdy teren, dla którego wniesione zostało o ustalenie warunków zabudowy, położony jest w nietypowej lokalizacji (np. na obszarze zagrożonym osuwaniem się mas ziemi, na obszarze objętym formami ochrony zabytków albo na obszarze położonym w granicach parku narodowego lub jego otulin). Zgodnie bowiem z art. 53 ust. 4 w zw. z art. 64 ust. 1 u.p.z.p. w takiej sytuacji wójt, burmistrz albo prezydent miasta przed wydaniem decyzji zobowiązany jest do uzgodnienia jej treści z odpowiednimi organami administracji.
Ponadto na podstawie art. 62 ust. 1 u.p.z.p. organ może zawiesić postępowanie w sprawie ustalenia warunków zabudowy na okres do 12 miesięcy w związku z pracami nad nowym planem miejscowym, co dodatkowo przedłuży czas załatwienia sprawy bez możliwości jakiejkolwiek interwencji w tej kwestii ze strony wnioskodawcy. Jeżeli nowy plan wejdzie w życie, decyzja o warunkach zabudowy nie zostanie w ogóle wydana, a przeznaczenie terenu zostanie ustalone na podstawie planu.
Niezależnie od okoliczności, które mogą doprowadzić do odsunięcia w czasie rozstrzygnięcia sprawy, wskazane powyżej terminy załatwienia sprawy są terminami instrukcyjnymi, co oznacza, iż uchybienie im nie jest automatycznie sankcjonowane.
Jeżeli jednak wójt, burmistrz lub prezydent miasta nie wyda ani decyzji ustalającej warunki zabudowy, ani decyzji odmawiającej ich ustalenia w terminie, czytelnikowi przysługuje prawo do wniesienia zażalenia na bezczynność organu. Zażalenie składa się bezpośrednio do organu wyższego stopnia, którym w stosunku do wójta, burmistrza czy prezydenta miasta jest samorządowe kolegium odwoławcze.
W przypadku uwzględnienia zażalenia SKO wyznaczy dodatkowy termin na załatwienie sprawy, po którego bezskutecznym upływie stronie będzie przysługiwać z kolei skarga na bezczynność organu administracji do wojewódzkiego sądu administracyjnego.
