Za swojej dyrekcji dokonała ogromnej pracy modernizacyjnej w MNK, remontując wiele oddziałów i otwierając nowe.
Wyremontowano wówczas m.in. Galerię Sztuki Polskiej w Sukiennicach, Spichlerz, Dom Jana Matejki, Dom Józefa Mehoffera, Pałac Biskupa Erazma Ciołka. Otwarto Pawilon Józefa Czapskiego ,poświęcony wybitnemu malarzowi i pisarzowi z kręgu paryskiej „Kultury” i zrealizowano projekt Europejskiego Centrum Numizmatyki Polskiej w Pałacyku Czapskich. Planowała także przebudowę gmachu głównego MNK i doprowadziła do ogłoszenia międzynarodowego konkursu na ten projekt.
Była autorką lub współautorką wielu głośnych wystaw: Siemiradzkiego, Grottgera, Kantora, Matejki, Wróblewskiego, Lebensteina.
Miała rozległą wizję Muzeum Narodowego. - Moim zdaniem bardzo ważne jest, żeby pokazywać sztukę w szerokim kontekście kultury, historii, kwestii społecznych. Łączyć różne perspektywy. – mówiła mi w rozmowie.
Z MNK była związana niemal przez całe swoje życie zawodowe, ponad 40 lat. Ukończyła historię sztuki na Uniwersytecie Jagiellońskim. Pracę w Muzeum Narodowym w Krakowie rozpoczęła w 1974 roku. Była redaktorka wydawnictwa, a następnie kierowniczką działu nowoczesnego polskiego malarstwa i rzeźby. W latach 1996-2000 pełniła funkcję zastępczyni dyrektora ds. naukowych i oświatowych. W 2000 roku otrzymała nominację na dyrektora MNK.
Działała też w Radzie do Spraw Muzeów przy ministrze kultury i dziedzictwa narodowego w latach 2000–2012. W 2001 została członkinią Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa.
Została uhonorowana m.in. Złotym Medalem Zasłużony Kulturze „Gloria Artis”, Krzyżem Małopolski, „Honoris Gratia”, Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Orderem Księżnej Olgi II klasy.
W ostatniej książce „Nasz wspólny dom”, poświęconej Muzeum Narodowemu w Krakowie za je dyrekcji (powstałej wspólnie z Piotrem Wasilewskim) pisała, że jej zdaniem „muzeum musi mieć „duszę”, jakkolwiek staroświecko by to nie brzmiało, pracować w nim winno się dla siebie i innych, dla sprawy, a nie dla zysku. Dyrekcja ma obowiązek budować wśród pracowników poczucie wspólnej, misyjnej pracy dla dzisiejszych i przyszłych pokoleń./.../ Po jasnym skonkretyzowaniu celów i misji instytucji, doradzam nie wprowadzać do muzeum rewolucji, a tylko stopniowo przekształcać je wedle wymogów nowoczesności, gdyż potrzebna jest mu mądra ciągłość, kontynuacja....”
Zofia Gołubiew zmarła 9 marca. Miała 79 lat.
