Najcenniejszymi obiektami są fragmenty romańskiej i gotyckiej kamieniarki (XI–XIII w.): ornamentowane kapitele i bazy kolumn, fragmenty arkad pierwotnego krużganka klasztornego oraz płytki posadzkowe z kościoła. Zachowane kapitele kolumn zdobione ornamentem roślinno-geometrycznym z przełomu XI i XII w. należą do najpiękniejszych przykładów polskiej sztuki romańskiej.
Oprócz właściwego lapidarium (czyli kamieniarki) prezentowane są również zachowane w opactwie fragmenty dawnej biblioteki (rękopisy i druki, XV–XVIII w.), przedmioty liturgiczne (ornaty, kielichy i monstrancja, XVII i XVIII w.) oraz wypożyczane czasowo z katedry w Tarnowie m.in. złoty kielich opata Macieja ze Skawiny (z ok. 1470 r.), emaliowany kielich opata Stanisława Pstrokońskiego (poł. XVII w.), jedwabne ornaty z XVII w.
W salach dawnej biblioteki znajdują się również plansze z informacjami i zdjęciami, a także multimedialna ścieżka edukacyjna „Benedyktyni. Jedność Europy”. Przybliżają one historię mnichów – genezę monastycyzmu, żywot św. Benedykta i jego uczniów, wpływ monastycyzmu na rozwój i kształtowanie się kultury europejskiej, obecność benedyktynów na ziemiach polskich oraz w Europie (od. X w.), przeszłość Tyńca, jak również współczesnej rodziny benedyktyńskiej w Polsce i na świecie.
W zbiorach klasztoru oo. Benedyktynów w Tyńcu znajduje się pokaźny zbiór zabytków archeologicznych. Są one plonem badań wykopaliskowych prowadzonych na przełomie lat 40. i 50. XX w. przez dr. Gabriela Leńczyka podczas odbudowy klasztoru. Dotychczas, po blisko 60 latach od zakończenia tych wielosezonowych prac, nie doczekaliśmy się kompleksowego, pełnego opracowania ich wyników. Wydobyte wówczas zabytki nie zostały nigdy w całości naukowo opracowane, G. Leńczyk poddał wybiórczej analizie jedynie kilkaset wybranych okazów, pozostałe nie zostały wprowadzone do obiegu informacji naukowej. Pomimo zaledwie szczątkowego rozpoznania naukowego zbioru zabytków z Tyńca wszedł on na stałe do literatury naukowej, na wzgórzu klasztornym oraz na wzgórzu Grodzisko w Tyńcu natrafiono bowiem na pozostałości osadnictwa z kilku epok o wyjątkowym znaczeniu dla rekonstrukcji pradziejów i okresu wczesnohistorycznego Polski. Pełne opracowanie naukowe tego zbioru jest więc pilnym postulatem – niewątpliwie wzbogaci w znaczącym stopniu naszą wiedzę o tych okresach i pozwoli na rozbudowanie muzealnej ekspozycji w klasztorze oo. Benedyktynów w Tyńcu o pokaźną serię niesłychanie interesujących i wartościowych naukowo eksponatów.
Najstarszą grupę zabytków z Tyńca stanowią narzędzia krzemienne i fragmenty naczyń glinianych, związane z funkcjonowaniem w tym miejscu niewielkiej osady ludności neolitycznej – jednej z pierwszych grup rolników na terenie Polski. Około 4600 r. przed Chr. na teren zachodniej Małopolski przybywają nowe grupy ludności wczesnorolniczej z terenu środkowych i północnych Węgier (jest to tzw. druga fala wczesnych rolników, najstarsze grupy ludności rolniczej przybyły na teren południowej Polski około 1000 lat wcześniej). Osadnicy ci wywodzili się z ludności kultury lendzielskiej (nazwa pochodzi od osady w miejscowości Lengyel koło Kaposvaru na terenie Węgier) i zajmowali się rolnictwem i hodowlą.
