7 lipca 1945 roku powołano Dowództwo Marynarki Wojennej w Gdyni. Niebawem odtworzono Dywizjon Okrętów Podwodnych. W jego skład weszły jednostki, które powróciły z wojennego internowania w Szwecji: „Ryś", „Żbik" i „Sęp". Z powodów politycznych istniały zatem dwie polskie floty – w kraju i na Zachodzie, co było ewenementem na skalę światową. Brytyjczycy usiło-wali skłonić polskich żołnierzy i marynarzy do powrotu do Polski, lecz tylko niewielka część się na to zdecydowała. Polska Marynarka Wojenna na Zachodzie została rozwiązana 31 marca 1947 roku.
W kraju odtwarzano flotę pod kuratelą oficerów oddelegowanych z marynarki sowieckiej. Pierwszymi jej dowódcami w 1945 roku byli Rosjanie: kmdr Iwan Szylingowski i kontradm. Nikołaj Abramow. Do szeregów powrócili uwolnieni z niemieckiej niewoli oficerowie marynarki II Rzeczypospolitej. Z tej grupy wywodzili się kolejni dowódcy MW: kontradm. Adam Mohuczy (grudzień 1945 – luty 1947) i kontradm. Włodzimierz Steyer (luty 1947 – lipiec 1950).
Sfingowane zarzuty szpiegostwa
Wobec coraz bardziej jawnego uzależnienia Polski i Wojska Polskiego od Sowietów oficerowie przedwojenni lub mający staż w PSZ na Zachodzie byli po 1947 roku rugowani ze stanowisk i represjonowani przez Informację Wojskową. W latach 1950 – 1951 aresztowano pod sfingowanym zarzutem szpiegostwa kilku wysokich oficerów, w tym dowódcę floty kmdr. Stanisława Mieszkowskiego, szefa Sztabu Floty kmdr. por. Roberta Kasperskiego, szefa Sztabu Głównego MW kmdr. Mariana Wojcieszka, szefa Wydziału MW Sztabu Generalnego WP kmdr. Jerzego Staniewicza, jego zastępcę kmdr. por. Zbigniewa Przybyszewskiego (w 1939 roku bohaterskiego dowódcę baterii helskiej). Po brutalnym śledztwie, w którym byli torturowani, w tzw. procesie komandorów zostali skazani na karę śmierci „za spisek w wojsku". W grudniu 1952 roku stracono Mieszkowskiego, Staniewicza i Przybyszewskiego (Kasperski i Wojcieszek zostali ułaskawieni).
