Podobnie ostro o „Klerze” wypowiedział się pod koniec września słynący z prawicowych poglądów jezuita o. Dariusz Kowalczyk, wykładowca teologii dogmatycznej na Papieskim Uniwersytecie Gregoriańskim w Rzymie. „Czyją w tej sytuacji twarz powinien mieć Kościół katolicki? Pieronka? Lemańskiego? Wiem! Michnika!" – podzielił się swoimi refleksjami na Facebooku.
Swoim wpisem wywołał ostrą reakcję znanego z lewicowych poglądów ks. Wojciecha Lemańskiego, który nazwał Kowalczyka „klechą”. Za ten wpis został upomniany przez ordynariusza diecezji warszawsko-praskiej bp. Romualda Kamińskiego.
Ostre wypowiedzi na temat „Kleru” zdarzają się duchownym do dziś. – Nie byłem i nie zamierzam kiedykolwiek obejrzeć „Kleru”. Nie będę finansował czegoś, co szkaluje kościół. To jest bluźniercze, chociażby parodia Ostatniej Wieczerzy. Jestem oburzony, że ten film był finansowany z moich pieniędzy. Nie muszę wchodzić do szamba, żeby wyrobić sobie zdanie. Sam smród mnie odstrasza – powiedział w środę w Telewizji Republika znany bydgoski kapłan ks. prałat Roman Kneblewski.
Jednak można odnieść wrażenie, że z czasem wśród osób duchownych zaczęły przeważać opinie, nie negujące całkowicie sensu filmu Wojciecha Smarzowskiego.
W rozmowie z TVN24 ks. Józef Kloch podkreślał, że jest to „film bardzo przytłaczający, bardzo smutny”. – Tylko o rzeczach negatywnych, w zasadzie bez nadziei – mówił były rzecznik prasowy Episkopatu, dodając, że Kościół, jaki on zna, jest zupełnie inny, głównie pozytywny. –- Choć już jeden pedofil to za dużo - zaznaczył ks. Kloch.
W podobnym tonie, podkreślającym, że film pokazuje wycinkową rzeczywistość, ale przy tym może służyć oczyszczeniu Kościoła, wypowiada się obecnie większość duchownych. Przykładem jest ksiądz Michał Barański „Barańczak”, który zamieścił w sieci swoją recenzję filmu. – Nie spodziewałem się, że to powiem, ale film jest dobrze zrobiony, dobrze zagrany, trzyma w napięciu od początku do końca (...), naprawdę jest to dobry film – mówi ks. Barański w kanale na YouTube. Duchowny uważa, że księża powinni obejrzeć film Smarzowskiego „ku przestrodze”. – Sytuacje pokazane w filmie, to na szczęście jakiś margines, ale warto o tym marginesie wiedzieć i warto się modlić, żeby tacy ludzie się nawrócili i przestali szkodzić Kościołowi – dodaje.