Spółka zwróciła się z wnioskiem o interpretację prawa podatkowego. Pytanie dotyczyło prawidłowości rozliczeń w podatku VAT. Organ I instancji uznał, że stanowisko spółki jest nieprawidłowe. Dyrektor Izby Skarbowej w Krakowie zmienił jednak z urzędu jego postanowienie, stwierdzając, że ocena stanu faktycznego jest nieprawidłowa. Spółka odwołała się do WSA w Krakowie, zarzucając, że organ odwoławczy nie wskazał przepisów, na podstawie których udzielił wyjaśnienia i uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Spółka zarzuciła decyzji niejasność, uniemożliwiającą zastosowanie się do jej treści.
Sąd ją uchylił. Stwierdził, że decyzja interpretacyjna nie jest rozstrzygnięciem władczym, nie jest również aktem stosowania prawa. Rozstrzygnięcie organu I instancji zawierało ocenę prawną stanowiska pytającego z przytoczeniem przepisów prawa. Wynika z niego jednoznaczne i zrozumiałe stanowisko, które nie jest akceptowane przez podatnika. Organ odwoławczy po wniesieniu zażalenia powinien postanowienie pierwszoinstancyjne zmienić lub uchylić, jeżeli uzna zasadność argumentów w nim podniesionych. Stwierdzenie w decyzji organu odwoławczego, że ocena prawna stanu faktycznego przedstawionego we wniosku podatnika jest nieprawidłowa, jest rozstrzygnięciem wadliwym. Można z niej bowiem wywnioskować, że to organ podatkowy I instancji dokonał nieprawidłowej oceny stanu faktycznego przedstawionego we wniosku. Pozostaje to, zdaniem sądu, w sprzeczności z treścią art. 14a ust. 3 op.
Sąd orzekł, że w decyzji interpretacyjnej ważniejsza od sentencji jest treść uzasadnienia, które powinno zawierać jasną i precyzyjną ocenę stanowiska pytającego. Kluczowe jest stwierdzenie, czy jest ono prawidłowe, czy nie - tylko tak skonstruowana treść decyzji interpretacyjnej pozwala podatnikowi na niebudzące wątpliwości zastosowanie się do niej. W tej sprawie decyzja wydana przez organ odwoławczy tych wymagań nie spełniała.
Instytucja wiążących interpretacji prawa podatkowego ma realizować zasadę zaufania do państwa i stanowionego przez nie prawa. Konieczność przestrzegania tej zasady była wielokrotnie podkreślana w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego. Do końca czerwca 2007 r. skutkiem wydania wiążącej interpretacji był brak możliwości wydania przez organy podatkowe decyzji ustalającej lub określającej zobowiązanie podatkowe bez uchylenia lub zmiany samej interpretacji. Od 1 lipca br. interpretacja chroni od momentu jej otrzymania, a gdy organ podatkowy nie uwzględni interpretacji w swym rozstrzygnięciu, wówczas w zakresie, jakiego dotyczy interpretacja, podatnik jest zwolniony z zapłaty podatku. Aby można było mówić o ochronie wynikającej z wiążącej interpretacji, niezbędne jest, aby zakres tej ochrony wynikał z niej precyzyjnie. Interpretacja wieloznaczna, niezawierająca jednoznacznej oceny prawnej stanu faktycznego przedstawionego przez podatnika, nie spełnia swej podstawowej funkcji, a tym samym jest sprzeczna z celem, dla którego została ustanowiona instytucja wiążących interpretacji. Tym samym takie interpretacje powinny być eliminowane z obrotu prawnego.
