Jeśli podatnik złożył skargę do sądu i nie zapadł jeszcze prawomocny wyrok, to uchwała będzie musiała zostać uwzględniona. Rozstrzygnięcie NSA w tej formie jest bowiem wiążące dla sądów. Zakończenie postępowań zawieszanych ostatnio przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie powinno więc być tylko formalnością.
Oznacza to, że będzie obowiązywało stanowisko przedstawione we wniosku. [b]Należy się jednak spodziewać, że taka milcząca interpretacja będzie szybko uchylana z urzędu i zastępowana stanowiskiem wyrażonym wcześniej w doręczonym po terminie piśmie.[/b] Nie znaczy to jednak, że podatnicy od razu utracą ochronę wynikającą z milczącej interpretacji.
Obecnie zasadą jest, że podatnik stosujący się do interpretacji jest zwolniony od podatku, o ile skutki podatkowe związane ze zdarzeniem, któremu odpowiada stan faktyczny, będący jej przedmiotem, miały miejsce po jej doręczeniu. Od 1 lipca 2007 r. zapłaty podatku można więc uniknąć tylko, gdy wniosek dotyczy zdarzeń przyszłych. Przywileju tego podatnik nie straci z dnia na dzień po zmianie odpowiedzi. Zgodnie z postanowieniami ordynacji podatkowej zwolnienie ma zastosowanie do końca okresu rozliczeniowego, w którym doręczono zmienioną interpretację oraz przez okres następny. Tak jest w przypadku podatków rozliczanych miesięcznie i kwartalnie. Wyjątkiem są podatki rozliczane rocznie – wtedy stosowanie się do odpowiedzi chroni do końca roku. Oznacza to, że np. interpretacje dotyczące podatku dochodowego chronią wnioskodawcę do końca roku podatkowego (nawet gdy zostaną zmienione w styczniu). Z reguły tej wynika także, że w pewnych sytuacjach korzystnie jest wybrać kwartalny sposób rozliczania VAT. Dzięki temu można opóźnić negatywne konsekwencje ewentualnego uchylenia korzystnej dla podatnika odpowiedzi.
[srodtytul]Gdy podatnik się nie zgadza[/srodtytul]
Jeszcze przez kilka dni mogą do podatników trafiać spóźnione odpowiedzi. Uchwała została bowiem wydana zaledwie przed tygodniem, urzędnicy wydający interpretacje nie mieli więc czasu, aby wprowadzić ją w życie. Jeśli stwierdzimy, że otrzymaliśmy niekorzystną odpowiedź z naruszeniem trzymiesięcznego terminu, to warto ją zaskarżyć do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego właściwego ze względu na nasze miejsce zamieszkania (lub siedzibę w przypadku osób prawnych). Ten potwierdzi bowiem, że obowiązuje stanowisko przedstawione we wniosku. W tym celu w pierwszej kolejności należy złożyć wezwanie ministra finansów do usunięcia naruszenia prawa (zastępuje ono odwołanie). Wnioskodawca ma na to 14 dni, licząc od odebrania interpretacji. Skargę do WSA wnosi się w terminie 30 dni od dnia doręczenia odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa. Jeżeli nie zostanie ona udzielona, to skargę należy wnieść w terminie 60 dni od momentu wniesienia wezwania do usunięcia naruszenia prawa.
Skargę wnosi się w dwóch egzemplarzach na adres Biura Krajowej Informacji Podatkowej, które udzieliło odpowiedzi.