Jedną z pierwszych decyzji Sławomira Skrzypka były zmiany w jednostkach analitycznych banku centralnego. Prezes zapowiedział ich wzmocnienie i z dwóch departamentów stworzył jeden – Instytut Ekonomiczny. Część analityków podejrzewała, że konsekwencją tych zmian będzie takie ustawienie projekcji inflacyjnych, by odpowiadały poglądom prezesa Skrzypka, czyli łagodnemu nastawieniu w polityce pieniężnej. Taki też zarzut postawił w swym czwartkowym liście wiceprezes Jerzy Pruski – jego zdaniem w NBP powstają niedoszacowane prognozy inflacyjne. Część faktów potwierdza tę tezę: październikowa projekcja rozminęła się z rzeczywistą aż o 1 pkt. proc. (miało być 2,5 proc., było 3,5 proc.). Taki błąd na przestrzeni trzech miesięcy jest dosyć spory. Na obronę analityków NBP trzeba powiedzieć, że projekcja lipcowa była w 100 proc. trafna.
Nowy prezes przez pierwszy rok urzędowania wprowadził też poważne zmiany organizacyjne w nadzorze banku. Odwołał dwóch członków zarządu, powołanych jeszcze przed wejściem w życie ustawy wprowadzającej kadencyjność członków zarządu. W ich miejsce powołał trzech nowych. Wiceprezesi zaczęli zarządzać mniejszą liczbą departamentów, np. Jerzy Pruski stracił kontrolę nad dwoma: operacji krajowych i operacyjno-rachunkowym. Za to członkowie zarząduzyskali więcej kompetencji. Na podstawie upoważnienia udzielonego przez prezesa NBP zaczęli sprawować bieżący nadzór nad kluczowymi departamentami – np. analiz, który przygotowuje prognozy inflacyjne, zagranicznym, który zajmuje się współpracą Polski z międzynarodowymi organizacjami finansowymi, czy operacji krajowych, który realizuje politykę pieniężną NBP. Wcześniej, za prezesury Leszka Balcerowicza, sam prezes i wiceprezesi odpowiadali za merytoryczne działy, pozostali członkowie zarządu za techniczno-administracyjne: kadr, administracji, informatyki czy ochrony. To właśnie o ten podział ról w zarządzie toczy się obecnie główny spór.
Postronnym obserwatorom trudno rozstrzygnąć, kto ma rację. Analitycy rynku stawiają za to Skrzypkowi inny, też poważny zarzut: nie ma on poważania wśród najważniejszego gremium kształtującego stopy procentowe – Rady Polityki Pieniężnej, a tym samym – nie ma mocy sprawczej w gospodarce. Jego opinie nie robią na nikim specjalnego wrażenia. W ubiegłym roku prezes Skrzypek był trzykrotnie przegłosowywany przez resztę RPP. Na jednym z posiedzeń stosunek głosów wynosił jeden do dziewięciu. Janusz Jankowiak postawił wtedy tezę, że faktycznym szefem Rady jest Jan Czekaj. Inwestorzy wolą słuchać jego niż prezesa Skrzypka.
