Po 17 września 1939 Czapski dostał się do sowieckiej niewoli, z której wydostał się na mocy układu Sikorski-Majski. Trafił do powstającej w Związku Sowieckim Armii Polskiej. Na polecenie gen. Andersa podróżował po Rosji, szukając zaginionych, a jak się okaże później, wiosną 1943 – rozstrzelanych oficerów. Doświadczenia te opisał w książkach „Wspomnienia starobielskie" i „Na nieludzkiej ziemi".
– Czapski obnażył istotę systemu sowieckiego, która sprowadzała się nie tyle do zabijania, ile do towarzyszącego zbrodni kłamstwa – mówi prof. Rafał Habielski, historyk z Uniwersytetu Warszawskiego. – Dotarł do wysokich rangą oficerów NKWD, którzy rozmawiali z nim na Łubiance twarzą w twarz, kłamiąc, że nic nie wiedzą. Tak rozpoczęła się historia kłamstwa katyńskiego – dodaje historyk.
Wraz z armią Andersa mjr Czapski opuścił nieludzką ziemię. Przeszedł cały szlak, przez Bliski Wschód aż do Włoch. Po wojnie osiadł w Paryżu, początkowo jako szef placówki Korpusu we Francji; równocześnie angażował się w działalność „Kultury" i Instytutu Literackiego.
Na przełomie lat 40. i 50. wygłaszał odczyty o Katyniu w USA. Przy okazji nawiązywał kontakty, zbierał prenumeraty. Miał dar nawiązywania przyjaźni i kontaktów, być może brało się to stąd, że sam był bardzo życzliwy i z sympatią odnosił się do ludzi.
Zofia Hertz w wywiadzie rzece „Była raz Kultura" wspominała też o ujmującej niezdarności i roztargnieniu Czapskiego: „Zdarzało się w Rzymie, że szedł do parku, siadał na ławce, czytając książkę, a po jakimś czasie wstawał i odchodził, po czym okazywało się, że koło ławki zostawił teczkę z napisem »tajne«, gdyż były w niej ważne papiery. Włoch, który ją znalazł, odnosił mu ją. To się zdarzyć mogło tylko Józiowi!". —Łukasz Lubański
