Tajemnicze zniknięcie generała podzieliło polską opinię publiczną. Przeciwnicy obozu politycznego marszałka Józefa Piłsudskiego, tacy jak gen. Marian Kukiel, byli przekonani, że „dyktator" rozkazał zlikwidować niewygodnego przeciwnika politycznego w Forcie Legionów, a ciało utopić w Wiśle. Mówiono też o zakatowaniu Zagórskiego w lokalu Strzelca przy ul. Dobrej lub egzekucji dokonanej przez Kostka-Biernackiego w Twierdzy Brzeskiej. Piłsudczycy byli natomiast przekonani, że Zagórski uciekł z Polski. Rozesłano za nim nawet listy gończe z siedmioma zdjęciami ukazującymi „dezertera" z różnymi fryzurami i zarostem na twarzy. Ktoś widział go w Berlinie, inny świadek twierdził, że Zagórski wraca do zdrowia w Zakopanem. Po wojnie brat generała twierdził, że Włodzimierz Zagórski prowadzi przedsiębiorstwo w Egipcie.
Jak to zwykle bywa w naszych dziejach, historia zaginięcia Włodzimierza Zagórskiego obrosła wieloma mitami i półprawdami. Tym bardziej że pojawiają się w niej nazwiska Józefa Piłsudskiego i Tadeusza Jordana Rozwadowskiego, byłego feldmarschalleutnanta c.k. armii i generała broni Wojska Polskiego. Józef Rybak, były pułkownik Sztabu Generalnego armii austro-węgierskiej, generał dywizji Wojska Polskiego, twierdził, że generałowie Włodzimierz Zagórski, Tadeusz Rozwadowski i Władysław Sikorski uważali byłego brygadiera Józefa Piłsudskiego za wojskowego dyletanta i amatora, który przywłaszczył sobie autorstwo rozkazu operacyjnego oznaczonego fikcyjnym numerem 10 000. Rozkaz ten wzmacniał 5. Armię gen. Władysława Sikorskiego i nakazywał podwójne, dwuskrzydłowe uderzenie na siły bolszewickie w połowie sierpnia 1920 r. Plan zaowocował zwycięstwem, ale laury przypadły Piłsudskiemu, a nie Rozwadowskiemu.
Generałowie, którzy w maju 1926 r. opowiedzieli się po stronie rządu i prezydenta Wojciechowskiego, stanowili zalążek potężnej opozycji w siłach zbrojnych. Wielu znało prawdę o rozkazie 10 000, ale przede wszystkim dysponowało informacjami na temat działalności Piłsudskiego jako płatnego agenta austriackiego wywiadu wojskowego HK-Stelle, posługującego się pseudonimem Stefan 2. Zresztą do grupy byłych współpracowników HK-Stelle należało wielu działaczy sanacyjnych, jak choćby późniejszy premier RP Aleksander Prystor, minister spraw zagranicznych Józef Beck, marszałek Edward Śmigły-Rydz oraz gen. Kordian Zamorski, zastępca szefa Sztabu Generalnego i komendant Policji Państwowej. Nic dziwnego, że po udanym zamachu majowym Piłsudski w pierwszej kolejności rozkazał aresztować Tadeusza Rozwadowskiego oraz generałów Malczewskiego i Jaźwińskiego. Wszystkim aresztowanym generałom postawiono absurdalne zarzuty o przestępstwa kryminalne. 15 maja 1926 r. aresztowano Włodzimierza Zagórskiego za rzekome bombardowanie lotnicze puczystów Marszałka. Wraz z gen. Tadeuszem Rozwadowskim i dwoma wspomnianymi generałami został on wywieziony do III Śledczego Więzienia Wojskowego na Antokolu, gdzie przez rok przebywał w haniebnych warunkach. 6 sierpnia 1927 r. rzekomo wyjechał pociągiem z Wilna do Warszawy, gdzie miał odpowiadać z wolnej stopy w procesie cywilnym. Według śledczych badających sprawę jego zaginięcia Zagórski zniknął zaraz po opuszczeniu pociągu na dworcu w Warszawie. Jego ucieczka lub zabójstwo jest do dzisiaj przedmiotem spekulacji. Wraz z generałem Zagórskim zniknęły na zawsze cenne informacje dotyczące najważniejszych osób w państwie sanacyjnym, powiązanych w przeszłości z Evidenzbureau HK-Stelle Krakau, K.u.k. Evidenzbureau HK-Stelle Przemyśl i K.u.k. Evidenzbureau HK-Stelle Lemberg.
Po 94 latach wciąż niewiele wiemy. Pewien znany portal encyklopedyczny wstawił przy nazwisku Zagórskiego informację: „został zamordowany na rozkaz samego Piłsudskiego". Bardzo odważna teza, ale niemająca żadnego potwierdzenia. Myślę, że bliżej do prawdy dotarł Dariusz Baliszewski. Wszystkim zainteresowanym polecam jego artykuł „Tajemnica generała Zagórskiego" opublikowany w „Rzeczpospolitej" 9 sierpnia 2019 r.
