Ostatniego dnia 2015 r. gmina wystąpiła o zwrot nadpłaty w VAT oraz zwrot nadwyżki podatku naliczonego za okres od stycznia 2010 r. do grudnia 2011 r. Jednocześnie zawnioskowała o pełne oprocentowanie od dnia powstania nadpłaty (tj. zapłaty podatku) do trzydziestego dnia od publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości UE. Konkretnie chodziło o wyrok z 29 września 2015 r. w sprawie Gmina Wrocław (C-276/14). Gmina wyjaśniła bowiem, że nadpłata powstała w wyniku wyroku TSUE i jako podstawę wniosku wskazała art. 74 pkt 1 oraz art. 78 § 5 pkt 2 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 ordynacji podatkowej.
Na tym tle powstał spór o oprocentowanie nadpłat. W ocenie fiskusa, w wyroku w sprawie Gminy Wrocław Trybunał nie orzekł o niezgodności polskiej ustawy o VAT z przepisami prawa wspólnotowego. Nie stwierdził też, że obowiązujące przepisy krajowe pozbawiały jednostki samorządu terytorialnego prawa do odliczania podatku naliczonego, bo były implementowane prawidłowo. Skoro zatem podstawą powstania nadpłaty nie był wyrok TSUE, to – zdaniem organu – nie było też podstaw do oprocentowania nadpłaty zgodnie z art. 78 § 5 pkt 2 ordynacji podatkowej.
Fiskus był przekonany, że już uchwała NSA z 24 czerwca 2013 r. (I FSP 1/13), uznająca gminy za jedynego podatnika VAT, umożliwiła im centralizację rozliczeń VAT z jednostkami organizacyjnymi. Wyrok TSUE jest więc jedynie potwierdzeniem tego stanowiska NSA. W konsekwencji urzędnicy uznali, że gminie przysługuje oprocentowanie nadpłat od dnia złożenia wniosku, tj. od 31 grudnia 2015 r.
Gmina zaskarżyła to rozstrzygnięcie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie oddalił jej skargę. Rację przyznał jej dopiero Naczelny Sąd Administracyjny.
NSA nie miał wątpliwości, że dopiero wydanie wyroku przez TSUE – a nie uchwały NSA - w sposób wiążący ukonstytuowało prawo gminy do centralizacji rozliczeń VAT, w wyniku której za poszczególne okresy rozliczeniowe 2011 r. powstały nadpłaty w VAT i kwoty zwrotu nadwyżek. Dlatego, w ocenie NSA, w sprawie ma zastosowanie art. 74 pkt 1 ordynacji podatkowej.
