U leniwca Sida, mamuta Mańka i szablozębnego tygrysa Diega zachodzą poważne zmiany. Maniek – dotychczas zamknięty w sobie i zgorzkniały – rozkwita w związku z Elą. Właśnie spodziewają się narodzin dziecka. Diego z wiekiem traci formę i jest przekonany, że jeśli czegoś nie zrobi z własnym życiem, zamieni się w niegroźnego kotka. Tymczasem Sid, który zawsze traktował Mańka jak młodszego brata, boi się, że ten nie będzie miał dla niego czasu, gdy zostanie ojcem.
Pewnego dnia Sid znajduje trzy jaja. Postanawia się nimi zaopiekować i – jak Maniek – założyć rodzinę. Nie spodziewa się jednak, że wyklują się z nich małe tyranozaury, a mama maluchów upomni się o nie i porwie ze sobą Sida do krainy dinozaurów. Maniek i Diego nie będą mieli wyboru – ruszą na ratunek przyjacielowi i staną oko w oko z prehistorycznymi gadami.
Z każdym kolejnym filmem cyklu powiększa się grono bohaterów. W drugiej części do Mańka, Sida i Diega dołączyła Ela, a także duet zwariowanych oposów: Edek i Zdzich. Tym razem twórcy wprowadzili postać szalonego Bucka – jednookiej łasicy, pogromcę dinozaurów. Buck ma w życiu jeden cel: dopaść Rudy’ego, dinozaura albinosa, który pozbawił go oka.
– Spodobał nam się ten pomysł. Buck trafia do obcej krainy, ale odnajduje w niej sens życia – jest nim zemsta. Ta łasica przypomina mi kapitana Ahaba z „Moby’ego Dicka” – mówił reżyser Carlos Saldanha.
Oczywiście, nie mogło zabraknąć Wiewióra – gryzonia, bez którego sukces kasowy cyklu byłby niemożliwy. Ten amator orzeszków zwykle był sprawcą różnego rodzaju katastrof. Natomiast w „Erze dinozaurów” spotyka panią Wiewiórową, z którą czeka go ostra rywalizacja o ulubiony przysmak. Jedna z bitew o orzeszek rozgrywa się w rytm przeboju Lou Rawlsa „You’ll Never Find Another Love Like Mine”. – Zastanawialiśmy się, jaka powinna być ta scena. Chcieliśmy dodać odrobinę romantyzmu. Lecąca w tle walki piosenka okazała się strzałem w dziesiątkę – wspominał Saldanha.