Mimo upływu lat opinie na jego temat są skrajnie podzielone. Tradycjonaliści uważają, że ustalenia soboru stały się przyczyną ogromnego kryzysu Kościoła. Liberałowie ubolewają, że reformy nie zostały dokończone i w pełni wprowadzone w życie. Ale jest też bodaj największy kościelny „środek" ludzi odnajdujących się w posoborowym Kościele.
Janowi XXIII przyświecało hasło odnowy Kościoła (aggiornamento), w przekonaniu, że drogi Kościoła i świata zbyt się rozeszły, niemniej w chwili zwołania soboru również on nie miał koncepcji zmian w formie obecności Kościoła w świecie. Dość powiedzieć, że żaden z przygotowanych przed soborem projektów dokumentów nie został przyjęty przez to zgromadzenie.
Wszystkie dokumenty, a było ich 16, powstały w czasie czterech sesji soboru w starciu między dwoma ugrupowaniami uczestniczących w soborze biskupów (było ich łącznie 3 tysiące). Przymierze Europejskie o liberalnym obliczu, które tworzyli biskupi z Niemiec, Austrii, Szwajcarii, Francji, Holandii, Belgii i Skandynawii, okazało się silniejsze od Międzynarodowego Ugrupowania Ojców, które wraz z Kurią Rzymską uważane było na soborze za esencję konserwatyzmu.
W efekcie sobór pozwolił na wprowadzenie do liturgii łacińskiej także w niektórych momentach języków narodowych, ale dalsze zmiany, w tym odwrócenie kapłana twarzą do ludu, były już efektem decyzji i zmian posoborowych.
Sobór zaakceptował dialog Kościoła z innymi chrześcijanami (ekumenizm) oraz z religiami niechrześcijańskimi. W deklaracji o wolności religijnej uznał prawo każdego człowieka do wolności wyboru przekonań, także religijnych.
