Onoda najpierw nie uwierzył, że armia cesarska przegrała wojnę, a potem nie przyjął do wiadomości „haniebnej kapitulacji". Przez 30 lat ukrywał się w dżungli na Filipinach, gdzie zastał go koniec działań wojennych uważając, że nadal obowiązuje go wojskowa przysięga złożona cesarzowi.
Onoda przeszedł wyszkolenie do walki partyzanckiej i dywersyjnej, po czym w 1944 r. został wysłany na filipińską wyspę Lubiang. Otrzymał rozkaz, by nigdy się nie poddawać, walczyć do końca albo czekać na odsiecz.
Po kapitulacji armii jego kilkuosobowy oddział nie poddał się. O tym, że jacyś Japończycy ukrywają się w dżungli władze filipińskie dowiedziały się w 1950 r. gdy jeden z żołnierzy nie wytrzymał i ujawnił się. Wtedy rozrzucono ulotki wzywające Japończyków do poddania się. Onoda nie uwierzył wietrząc podstęp Amerykanów. Postanowił kontynuować walkę z jednym pozostałym przy życiu towarzyszem. Ten zginął podczas potyczki z żołnierzami filipińskimi w 1972 r. Onoda został sam.
W 1974 r. Japończycy wysłali negocjatorów, którzy mieli przekonać Onodę do zakończenia bezsensownej walki. Ten jednak uparł się, że przyjmie rozkaz jedynie od swojego dowódcy majora Yoshimi Taniguchiego. Został on odnaleziony w Tokio i namówiony do udziału w „maskaradzie". Negocjatorzy wraz z byłym dowódcą Onody w mundurze z czasów wojny przekonali wreszcie upartego żołnierza do złożenia broni.
Po powrocie do Japonii Onoda napisał kilka książek o swoich przeżyciach. Założył też cieszącą się popularnością szkołę technik przetrwania. Nie był jedynym japońskim żołnierzem ukrywającym się po wojnie, ale jego przypadek stał się najgłośniejszy.
