Rosyjskie media piszą, że taką wersję zabójstwa jako główną przyjęli już policjanci prowadzący sprawę. Śledczy są przekonani, że zbrodnię wymyślili, zaplanowali i przeprowadzili dwaj byli oficerowie czeczeńskiego oddziału specjalnego wojsk wewnętrznych „Północ": aresztowany Zaur Dadajew i zabity w czasie aresztowania Bisłan Szawanow.
„[Z materiałów śledztwa] Można wysnuć jednoznaczny wniosek: zabójstwo Borysa Niemcowa było osobistą inicjatywą Dadajewa i Szawanowa. Nie mieli żadnych zleceniodawców" – miał powiedzieć jeden ze śledczych rosyjskiej agencji Rosbałt. Mimo to śledztwo bada „krąg [ich] znajomych, przede wszystkim mieszkających za granicą". Dwaj główni podejrzani mieli wciągnąć do współpracy kolejnych czterech, z których dwaj byli krewnymi Dadajewa, a jeden – byłym czeczeńskim policjantem.
Rosyjscy opozycjoniści uznali wnioski śledczych za nonsens. „Prawdopodobnie spełniają się nasze najgorsze obawy, za zbrodnię będzie odpowiadał marny wykonawca. A prawdziwi zleceniodawcy morderstwa, chronieni powagą władzy państwowej, pozostaną na wolności" – stwierdził jeden z opozycjonistów młodszego pokolenia Ilia Jaszyn. Zażądał też od prokuratury, by jako świadka przesłuchała prezydenta Władimira Putina.
Główny oskarżony, który miał zastrzelić Niemcowa, Zaur Dadajew zeznał podobno, że zrobił to, gdyż Niemcow źle się wyrażał o islamie. Wcześniej jednak poinformował o tym były przełożony zabójcy prezydent Czeczenii Ramzan Kadyrow. „Był on głęboko wierzącym człowiekiem i jak wszyscy muzułmanie był głęboko wstrząśnięty »Charliem« [chodzi o karykatury wydrukowane we francuskim tygodniku „Charlie Hebdo"] i komentarzami popierającymi drukowanie karykatur" – stwierdził Kadyrow. „Prawdziwy wojownik", „prawdziwy patriota Rosji" – napisał o nim na Twitterze.
Jednakże spośród rosyjskich polityków Borys Niemcow jako jeden z nielicznych wypowiadał się o tragedii w redakcji „Charlie Hebdo" bardzo umiarkowanie. W tekście „Islamska opozycja" dokonał porównania islamu z chrześcijaństwem. Stwierdził, że wyznanie młodsze o 600 lat znajduje się obecnie na etapie rozwoju chrześcijaństwa XIV–XV wieku ze wszystkimi przypadłościami (w tym własną inkwizycją) – zalecał jednak cierpliwość.
