Istotnym elementem kontroli finansowej środków pochodzących z funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności jest wykrywanie nieprawidłowości finansowych oraz informowanie o nich Komisji Europejskiej.
Zgodnie z art. 2 pkt 7 rozporządzenia Rady (WE) 1083/2006 za nieprawidłowość należy uważać każde naruszenie przepisu prawa wspólnotowego wynikające z działania lub zaniechania podmiotu gospodarczego, które powoduje lub mogłoby spowodować szkodę w budżecie ogólnym Unii Europejskiej poprzez finansowanie nieuzasadnionego wydatku z budżetu ogólnego.
Najważniejszą grupę, bezpośrednio objętą czynnościami sprawdzającymi, są projektodawcy. Powinni być zatem świadomi, iż czynności kontrolne będą dotyczyły wszystkich realizowanych przez nich projektów finansowanych z funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności. Czynności kontrolne prowadzone względem każdego projektu mają najczęściej postać weryfikowania dokumentacji złożonej przez beneficjenta oraz tzw. kontroli na miejscu.
Czynności kontrolne polegają na sprawdzeniu formalnym oraz merytorycznym przedkładanych dokumentów oraz porównaniu z wcześniej składanymi oświadczeniami. Dokumenty, które podlegają weryfikacji, to przede wszystkim wnioski o dofinansowanie projektu oraz wnioski o płatność wraz z wymaganymi dokumentami uzupełniającymi. Podczas kontroli na miejscu czynności kontrolne polegają natomiast na sprawdzaniu zgodności przedstawianych przez beneficjenta dokumentów lub oświadczeń ze stanem faktycznym. Cechą charakterystyczną takiej kontroli jest przeprowadzanie czynności sprawdzających w siedzibie beneficjenta lub miejscu realizacji projektu.
Do prowadzenia czynności kontrolnych upoważnione są głównie instytucje dystrybuujące unijną pomoc: w nomenklaturze funduszy strukturalnych określane są one jako instytucje wdrażające lub instytucje pośredniczące II stopnia oraz instytucja audytowa.
