Fotografie ukazują szczegóły niewidoczne gołym okiem, na ich podstawie można określić sposób, w jaki obraz był malowany – można odtworzyć sposób prowadzenia przez malarza pędzla czy jak twórca kończył każde pociągnięcie. Można się też dowiedzieć, co zawierają głębsze, zamalowane warstwy dzieła. Technika pozwala na też identyfikację pigmentów użytych w każdym punkcie płótna, bez potrzeby pobierania próbki.
Jak twierdzi Cotte, jego fotografie pozwoliły zobaczyć Monę Lizę taką, jaką widzieć ją mogli współcześni Leonarda. A słynna Gioconda wyglądała kiedyś zupełnie inaczej. Była namalowana w innej tonacji kolorystycznej. Dziś dominują w dziele barwy: brązowa, zielona i żółta. A 500 lat temu skóra przedstawionej na obrazie kobiety była lekko różowa, a pejzaż za jej plecami skrzył się bielą i błękitem.
Dziś Mona Liza nie ma ani brwi ani rzęs. Pascal Cotte zaręcza jednak, że je miała. Francuski inżynier na bardzo silnym powiększeniu obrazu zauważył jeden, pojedynczy włos nad okiem Mony Lisy. Twierdzi, że gdzie jest jeden włos, musiały być też całe brwi.
Cotte uważa, że za zniknięcie brwi Mony Lizy odpowiedzialna może być marnej jakości farba. Co do rzęs, których dziś również na obrazie nie widać, francuski inżynier podejrzewa, że zostały one kiedyś zamalowane przez konserwatora. Zdjęcia uwidoczniły, że w okolicy oczu Giocondy pęknięcia farby są płytsze niż w innych partiach obrazu, co oznacza, że ten obszar był gorliwiej konserwowany. Fotografie Pascala Cotte wydobyły także zmiany, które Leonardo sam wprowadzał w swoim dziele. Da Vinci twierdził ponoć, że dzieło nigdy nie jest skończone, co najwyżej poniechane. Zgodnie z tą dewizą wiele razy poprawiał Monę Lizę. Pracował nad nią z przerwami od roku 1502 do 1519.
Zdjęcia w podczerwieni wydobyły autopoprawki mistrza w wielu punktach płótna. Lewa ręka Mony Lizy wyglądała początkowo inaczej, pozycja jej dwóch palców była inna. Pascal Cotte uważa, że Mona Liza w pierwotnej wersji trzymała w dłoni skraj kocyka, który przyciskała do brzucha. Kocyk ten okrywa kolana modelki. Dowodem potwierdzającym tę hipotezę mają być ślady farby, w okolicach dłoni, tej samej farby, którą namalowany jest kocyk na kolanach Mony Lizy. Dodatkowym argumentem jest tu ułożenie prawej ręki Giocondy. Kobieta przyciska ją mocno do brzucha. Cotte jest przekonany, że kobieta na pierwszej wersji obrazu przyciskała do brzucha wspomniany kocyk, którego fragment artysta potem zamalował.
