Wątpliwości Komisji wzbudziły, niewystarczające jej zdaniem, zasady kontroli wydatkowania pieniędzy w rolnictwie w pierwszym roku od przystąpienia Polski do UE. Zdaniem unijnych urzędników zabrakło krzyżowych kontroli wydatków z systemem identyfikacji i rejestracji zwierząt. Zakwestionowali także sprawozdania z wykonania planu i nieskuteczny system sankcji stosowany przez stronę polską przy wydatkowaniu pieniędzy podlegających refundacji z unijnych środków.
Rząd polski zaskarżył decyzję Komisji Europejskiej o wstrzymaniu części refundacji kosztów. W skardze do TSUE strona polska dowodzi, że brak kontroli krzyżowych był podyktowany bezużytecznością systemu identyfikacji i rejestracji zwierząt w tamtym czasie. Przeprowadzanie kontroli krzyżowych z tym systemem nie było więc wymagane na podstawie art. 68 rozporządzenia nr 817/2004.
Jeśli chodzi o system kontroli wydawania pieniędzy, polski rząd dowodzi, że system sankcji za wykryte nieprawidłowości był w 2005 r. w pełni skuteczny, dostosowany do sytuacji w pierwszym roku wprowadzania programu w Polsce. Był przy tym bardziej surowy i kompleksowy niż obecnie obowiązujący system sankcji wspólnotowych.
Strona polska podnosi też zarzut nieproporcjonalności sankcji nałożonych przez Komisję w stosunku do ewentualnych strat spowodowanych przez nieprawidłowości w wydawaniu pieniędzy podlegających refundacji z unijnych środków. Żadne z rzekomych uchybień będących podstawą decyzji Komisji nie mogło spowodować strat finansowych dla Wspólnoty lub było całkowicie marginalne i wielokrotnie niższe od kwoty wstrzymanych środków.
Polska zarzuca też Komisji Europejskiej niewystarczające uzasadnienie tak istotnej decyzji.
