Od 1989 r. zajmowała się rekompensatami i zwrotem utraconych dóbr Kościoła katolickiego.
Likwidację komisji przewiduje projekt nowelizacji ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego. Rząd zajmie się projektem we wtorek. Uchylenie przepisów stanowiących podstawę działania komisji uzgodniły Rada Ministrów i Konferencja Episkopatu Polski.
Po zakończeniu prac komisja powinna w ciągu siedmiu dni przekazać ministrowi właściwemu ds. wyznań religijnych całą dokumentację zgromadzoną podczas postępowań regulacyjnych oraz wnioski o wszczęcie postępowań. A w ciągu 14 dni przedstawić, również Sekretariatowi Konferencji Episkopatu Polski, sprawozdanie ze swojej działalności.
Do tej pory komisja rozpatrzyła 2,8 tys. wniosków. Pozostałe ok. 220 spraw rozstrzygną już sądy. Projekt przewiduje, że w sprawach, w których nie zapadło dotychczas orzeczenie komisji, wnioskodawcy mogą w terminie sześciu miesięcy wystąpić o podjęcie zawieszonego postępowania sądowego. A jeśli nie było ono wszczęte – wystąpić do sądu o zasądzenie roszczenia.
Działalność komisji, a zwłaszcza niemożność odwołania się od jej decyzji i wyceny gruntów, była, zwłaszcza ostatnio, mocno krytykowana.
