Jako prezydent doprowadził do demokratyzacji południowoafrykańskiego społeczeństwa, nadania równych praw czarnej większości, wypuszczenia z więzienia po 27 latach Nelsona Mandeli i zalegalizowania jego partii - Afrykańskiego Kongresu Narodowego.
W 1994 doprowadził do pierwszych wolnych wyborów parlamentarnych i prezydenckich, na skutek których władzę w RPA uzyskała czarnoskóra większość. Gdy upadł apartheid, Frederik Willem de Klerk po wyborach oddał władzę Nelsonowi Mandeli i sam został jednym z jego zastępców. Wycofał się z polityki trzy lata później.
Działania na rzecz zniesienia apartheidu przyniosły mu Pokojową Nagrodę Nobla w 1993, wspólnie z Nelsonem Mandelą.
Został wybrany Człowiekiem Roku 1993 magazynu „Time” wspólnie z Nelsonem Mandelą, Jaserem Arafatem i Icchakiem Rabinem. 7 lutego 1992 odwiedził Polskę.
W ubiegłym roku zdiagnozowano u niego nowotwór. Fundacja de Klerka poinformowała, że były prezydent zmarł w swoim domu w Kapsztadzie.
