Tak zdecydował Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 10 kwietnia 2008 r. (sygn. III SA/W a 2150/07).
Sprawa była efektem skargi na niekorzystną dla podatników interpretację, którą otrzymał Instytut Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk. Zapytał on, czy musi pobierać zaliczki na podatek dochodowy od wynagrodzeń naukowców, które są finansowane z funduszy INTAS. Jest to Międzynarodowe Stowarzyszenie na rzecz Propagowania Współpracy z Ludźmi Nauki. Jego celem jest m.in. wspieranie wspólnych projektów badawczych. Decyzje o finansowaniu podejmowane są w trybie postępowania konkursowego. Większa część budżetu tej organizacji pochodzi ze środków UE (w tym okresie INTAS działa w powiązaniu z 6. Programem Ramowym).
Z tych względów Instytut Chemii Fizycznej uznał, że wynagrodzenie naukowców powinno być zwolnione od podatku. To oni bowiem bezpośrednio realizują cel programu. Za podstawę prawną uważają art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT. Wynika z niego, że zwolnione od podatku są dochody, które spełniają łącznie dwie przesłanki.
Po pierwsze pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów. Warunek ten jest spełniony, także gdy przekazanie środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do ich rozdzielania.
Przedmiotem sporu przed sądem był jednak drugi warunek. Stanowi on, że zwolnienie przysługuje tylko wtedy, gdy podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Jednocześnie przepisy zastrzegają, że nie ma ono zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca – bez względu na rodzaj umowy – wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.
