Wydana nakładem IPN praca „Bydgoszcz 3 – 4 września 1939. Studia i dokumenty” pod redakcją Tomasza Chincińskiego i Pawła Machcewicza potwierdza dotychczasowe ustalenia polskich historyków. Według zeznań świadków zdarzeń oraz dokumentów z archiwów polskich, niemieckich i rosyjskich wiadomo ponad wszelką wątpliwość, że w niedzielę 3 września z okien i dachów domów i z wież swoich kościołów miejscowi Niemcy, wraz z przysłanymi z Rzeszy agentami, w ramach przygotowanej w Berlinie akcji dywersyjnej ostrzeliwali wycofujących się polskich żołnierzy Armii „Pomorze”.
W komunikacie informacyjnym z 3 września szef sztabu Armii „Pomorze” donosi: „organizacje niemieckie tworzą bandy dywersyjne, które przy każdej sposobności napadają na nasze oddziały i tabory i niszczą łączność […] dnia 2 IX br. w godzinach popołudniowych między m. Stawki a Różanną (szosa Chełmno – Kosowo – Różanna) banda dywersyjna zniszczyła około 40 samochodów z amunicją. W m. Łęgnowo (wsch. Bydgoszcz) banda ostrzelała transporty 13 DP, podobnie w rej. Chełmży w ciągu nocy strzelaniny dywersantów. Także w komunikacie informacyjnym nr 6 z 3 września płk Izdebski, przedstawiając naczelnemu dowództwu sytuację z godz. 18 z rejonu Bydgoszczy, Koronowa i Świecia, pisał: „W Bydgoszczy w czasie walk na przedmieściu miały miejsce masowe akty dywersyjne ze strony Niemców (…) notowano akty sabotażowe na liniach telefonicznych i telegraficznych. W Toruniu Niemiec rzucił granat ręczny – został na miejscu zabity przez przechodzącego żołnierza”.
Jak napisano w oficjalnym opracowaniu polskiego Ministerstwa Informacji i Dokumentacji z rządu londyńskiego w grudniu 1939 roku w odpowiedzi na niemieckie oszczerstwa, dopiero tego rodzaju nasilające się meldunki spowodowały wydanie przez dowództwo frontu rozkazu rozstrzeliwania bez sądu dywersantów złapanych z bronią lub na gorącym uczynku. Front odległy był o 25 km od Bydgoszczy. „W dn. 3 września zawisła nad Bydgoszczą groźba zajęcia miasta. Niemcy bydgoscy zmierzali do wywołania paniki, która częściowo się powiodła. Natężenie ognia w całym mieście było bardzo duże. Dywersanci otwarcie strzelali z okien, żołnierze polscy odpowiadali strzałami, zdobywając w ciężkich walkach mieszkania ,z których do nich strzelano. Oficerowie prowadzący walkę z dywersantami, oraz władze policyjne po południu 3 września zameldowały o zabiciu ok. 160 dywersantów przyłapanych z bronią”.
Ważnym szczegółem jest fakt, że spośród zabitych dywersantów tylko część zidentyfikowano jako mieszkańców Bydgoszczy. Meldunki policyjne donosiły o odebraniu od dywersantów kilku karabinów maszynowych, jakich używano w wojsku niemieckim.
„Na Rynku Zbożowym zobaczyliśmy 5 trupów rozstrzelanych Niemców. Zwracał uwagę charakterystyczny ubiór tych «cywilów». Wszyscy ci młodzi ludzie mieli sportowe ubrania i grube wełniane swetry ściągane pod szyją. Ponieważ w gorących tych dniach wrześniowych nikt absolutnie tak ubrany w Bydgoszczy nie chodził, można było bezwzględnie stwierdzić, że nie są to miejscowi ludzie” (cyt. za: J. Kołodziejczyk, „Prawda o tzw. Krwawej niedzieli bydgoskiej...”, s. 20).
W niedzielę 3 września aresztowano ok. 600 Niemców. Stanęli oni przed sądem polowym. Większość aresztowanych zwolniono. W nocy z niedzieli na poniedziałek niemieccy sabotażyści ostrzelali kompanię 61. pułku piechoty Wojska Polskiego podczas przekraczania Kanału Bydgoskiego, a rankiem zaatakowali z ukrycia oddziały baterii 15. Dywizji Piechoty na ul. Grunwaldzkiej, Nakielskiej i Kujawskiej. Wojsko przy pomocy Straży Obywatelskiej i cywili, w tym harcerzy, musiało odpowiednio reagować. W odróżnieniu od dnia poprzedniego, po ujęciu podejrzanych o atak na polskie wojsko biorący udział w akcji żołnierze, Straż Obywatelska i cywile rozstrzeliwali podejrzanych na miejscu.