Nowy sekretarz stanu został przyjęty przez swoich podwładnych wrogo. Traktowano go jako ciało obce, bo nie wywodził się jak poprzednicy z szeregów watykańskiej dyplomacji. Zarzucano mu prowincjonalizm, brak orientacji w sprawach międzynarodowych. Bertone zaczął wymieniać przedstawicieli starej gwardii na „swoich ludzi". Na pierwszy ogień poszedł kard. Leonardo Sandri (ten, który ogłosił światu o śmierci Jana Pawła II), Substytut ds. Ogólnych, czyli wraz z sekretarzem ds. Relacji z Państwami, potocznie zwany ministrem spraw zagranicznych, najważniejsza osoba sekretariatu, przesunięty do Kongregacji ds. Kościołów Wschodnich. Zdymisjonowany został wpływowy kard. Giovanni Battista Re, prefekt Kongregacji ds. Biskupów. Wiceministra spraw zagranicznych abp. Pietro Parolina Bertonego wyekspediował do Wenezueli jako nuncjusza, a prałat Piero Pioppo z watykańskiego banku IOR musiał przenieść się do nuncjatury w Kamerunie. Poza tym sekretarz stanu obsadził swoimi protegowanymi stanowiska w watykańskiej administracji. Kard. Giuseppe Bertello mianowany został gubernatorem Państwa Watykańskiego, kard. Giuseppe Bersaldi – przewodniczącym Prefektury Spraw Ekonomicznych, kard. Domenico Calcagno – przewodniczącym Administracji Dóbr Stolicy Apostolskiej, żeby wymienić najważniejsze zmiany. Te nominacje interpretowane są w kluczu wojny między aktualnym i byłym sekretarzem stanu, obecnie dziekanem Kolegium Kardynalskiego kard. Sodano, między nominatami Wojtyły i Sodano a nowo przybyłymi wybrańcami Bertonego. Klasycznym przykładem tarć między dwoma ugrupowaniami ujawnionym przez Vatileaks jest sprawa abp. Carlo Viganò. Człowiek Sodano, wybitny dyplomata, wezwany został przez Benedykta XVI do uleczenia sytuacji finansowej Watykanu. Mianowany wicegubernatorem (2009 r.) wykrył szereg nadużyć, przypadków nepotyzmu, a nawet kradzieży. W ciągu dwóch lat urzędowania wyprowadził finanse państewka na prostą – z 8 mln euro strat na 35 mln nadwyżki. Swoimi działaniami naraził się jednak ludziom Bertonego i powiązanym z nimi bankierom i przedsiębiorcom. Na trzy lata przed upływem kadencji, mimo protestów i listów słanych do Benedykta XVI, Viganò został zesłany do Nowego Jorku jako nuncjusz. Trzeba przy tym pamiętać, że choć budżet Watykanu szacuje się w setkach milionów euro, majątek i nieruchomości warte są dziś ponad 6 mld.
Fałszywki
Inna, nie mniej ważna linia frontu przebiega między sekretarzem stanu a episkopatem Włoch, szczególnie przewodniczącym konferencji biskupów kard. Angelo Bagnasco. Za czasów Karola Wojtyły stosunkami między włoskim Kościołem a państwem zajmował się bliski przyjaciel polskiego papieża kard. Camillo Ruini, stojący przez 17 lat na czele włoskich biskupów. W 2007 r. przechodzącego na emeryturę Ruiniego zastąpił Bagnasco i zaraz po nominacji otrzymał list od kard. Bertonego, z którego wynikało, że od teraz stosunkami między włoskim Kościołem a światem włoskiej polityki i instytucji zajmie się sekretariat stanu. W ten sposób Bertone napytał sobie wrogów we włoskim episkopacie i rozpoczęła się trwająca do dziś wojna. Jedną z jej ofiar padł redaktor naczelny dziennika włoskich biskupów „Avvenire" Dino Boffo, zaufany Ruiniego i Bagnasco. Z kurii do dziennika „Il Giornale" przeciekł sfałszowany dokument watykański, z którego wynikało, że Boffo jest uwikłany w skandal seksualny o podłożu homoseksualnym. Bogu ducha winien dziennikarz został zmuszony do rezygnacji (2009 r.).
Zresztą Vatileaks ujawniły, że Boffo pisał listy do papieża, obwiniając za aferę naczelnego „L'Osservatore Romano", nominata Bertonego Giovanniego Marię Viana, co wiele mówi o stosunkach panujących w kontrolowanych przez włoski episkopat i Watykan mediach. Opór włoskich biskupów uniemożliwił postulowane przez sekretarza stanu stworzenie pod skrzydłami IOR i sekretariatu stanu katolickiego centrum szpitalnego poprzez połączenie w jeden organizm kliniki Gemelli, zespołu klinik San Raffaele w Mediolanie i rzymskiego szpitala pediatrycznego Bambino Gesu, ale po drodze za sprawą Bertonego kontrolę nad kliniką Gemelli i katolickim uniwersytetem Sacro Cuore utracił kard. Dionigi Tettamanzi mimo pisanych skarg do papieża.
Na te podziały nakłada się tradycyjna rywalizacja między kurią rzymską a episkopatami, które domagają się większej niezależności i redukcji roli nuncjuszy. Ci, zamiast być pasem transmisyjnym i źródłem wsparcia, często usiłują dyktować warunki i kontrolować posunięcia biskupów w krajach swego urzędowania. W związku z taką polityką kurii, panującym w niej rzekomo chaosem i niekompetencją, po skandalu z lefebrystą Richardsonem, przyjaciel Ratzingera, abp Kolonii kard. Joachim Meisner, jak właśnie ujawnił, domagał się od papieża, by ten zdymisjonował sekretarza stanu. W odpowiedzi usłyszał: „Słuchaj mnie dobrze! Bertone zostaje. Basta, basta, basta!". Niedługo potem z tą samą prośbą mieli się zwrócić wspólnie w Castelgandolfo kard. Cristoph Schönborn (abp Wiednia) i włoscy purpuraci Scola, Bagnasco i Ruini.
Poza tym, jak zawsze, niejako z urzędu, na niechęć wszystkich zasłużyli sobie regulujący dostęp do papieskiego ucha Bertone i osobisty sekretarz Georg Gaenswein. Grudniową nominację arcybiskupią dla tego ostatniego uznano za polisę ubezpieczeniową i tarczę, którą będzie się mógł zasłaniać przed zemstą wrogów po konklawe. Również i w tym kluczu interpretowane są Vatileaks, bo przecież wyciek dokumentów z papieskiej szuflady dyskredytuje obu hierarchów. Zresztą Bertone w wywiadach prasowych nie krył, że traktuje aferę jako skierowany przeciw sobie spisek.