Każdy, kto sprowadził do Polski samochód, powinien uzyskać z właściwego urzędu skarbowego zaświadczenie o tym, że uiścił za pojazd podatek od towarów i usług. Zaświadczenie – wydawane na druku VAT-25 – podlega opłacie skarbowej. Kwota 160 zł, którą trzeba uiścić, trafia jednak nie do budżetu państwa, ale do gmin. Zgodnie z prawem stanowi bowiem dochód tych jednostek samorządu terytorialnego.

Pobieranie takiej opłaty jest zdaniem importerów aut sprzeczne z unijnym prawem. Jest to bowiem według nich, nic innego jak ukryty podatek od transakcji, która opodatkowaniu nie podlega. Prawodawstwo Unii Europejskiej zabrania bowiem pobierania – po raz drugi – daniny, która została już zapłacona, np. przy dokonaniu zakupu w innym kraju. Stąd właśnie liczne pozwy właścicieli autokomisów, którzy domagają się od gmin zwrotu opłaty wniesionej za wydanie zaświadczenia VAT-25.

Samorządy zwrotu opłaty odmawiają i jak potwierdza niedawny wyrok NSA, czynią to zgodnie z prawem.

W uzasadnieniu swojego rozstrzygnięcia NSA zwrócił uwagę, że opłata skarbowa ma charakter daniny publicznoprawnej związanej ze świadczeniem odpłatnym ze strony państwa (organu administracji publicznej). Uiszczając ją, ponoszący opłatę może oczekiwać konkretnego wymiernego świadczenia ekwiwalentnego, odpowiadającego co do wartości wysokości opłaty. Płynie z tego wniosek, że opłata skarbowa pobrana w związku z wydaniem zaświadczenia VAT-25 nie stanowi obciążenia podatkowego. Zdaniem sądu od obciążeń typu podatkowego trzeba zatem odróżnić obciążenia stanowiące pochodną wykonywania rozmaitych zadań w dziedzinie reglamentacji administracyjnej, wymagających ponoszenia ich kosztów przez podmioty zainteresowane, w tym osoby występujące o wydanie określonego zaświadczenia.

Skoro opłata skarbowa jest ponoszona z racji dokonania konkretnej czynności administracyjnej (wykonania świadczenia na rzecz występującego o wydanie zaświadczenia), a nie jest podatkiem nakładanym na towar pochodzący z innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej, nie sposób mówić o naruszeniu art. 90 TWE przez jego błędną wykładnię [b](sygn. II FSK 674/10)[/b].