ETS uznał zakaz odliczenia podatku naliczonego przed rejestracją za niezgodny z prawem UE. Dyrektywę Rady 2006/ 112/WE należy rozumieć w ten sposób, że sprzeciwia się ona pozbawieniu podatnika VAT spełniającego materialnoprawne przesłanki odliczenia możliwości wykorzystywania tego prawa. Trybunał podkreślił jednocześnie konieczność rejestracji dla celów VAT w „rozsądnym terminie”, niezbyt odległym od wykonania czynności uprawniających do odliczenia. Zdaniem Trybunału półroczny termin – tak jak w przypadku spółki Nidera – należy uznać za „rozsądny”.
Podobnie Trybunał Sprawiedliwości orzekł 30 września w sprawie węgierskiej spółki Uszodaepito (C-392/09). Spór dotyczył możliwości odliczenia VAT wynikającego z samonaliczenia podatku w ramach zastosowania mechanizmu tzw. odwróconego obciążenia (ang. reverse charge). Również w tym wypadku ETS stwierdził, że przesłanki formalne nie mogą mieć decydującego znaczenia dla prawa do odliczenia.
Co to oznacza dla polskich spółek? Orzeczenia ETS potwierdzają, iż fiskus nie może kwestionować prawa do odliczenia VAT z faktur dokumentujących wydatki poniesione przed rejestracją. W ostatnim okresie stanowiska organów podatkowych są korzystne dla firm. Przykładem jest m.in. interpretacja Izby Skarbowej w Warszawie (sygn. IPPP1/443-1473/08-4/GD) w sprawie spółki, która kupiła nieruchomość na dwa miesiące przed rejestracją dla celów VAT.
Jeśli dana firma otrzymała wcześniej niekorzystną interpretację w tym zakresie albo nie wystąpiła o zwrot podatku, ma prawo złożyć teraz deklarację za okres przed rejestracją, w którym poniosła wydatki. Dotyczy to także podmiotów zagranicznych, które nie zarejestrowały się na potrzeby VAT w Polsce, jednak ponosiły tu wydatki obejmujące VAT.