Jeśli tak się nie stało, działanie fiskusa wykracza poza swobodną ocenę dowodów i jest nieuprawnione. Wynika tak z wyroku WSA w Bydgoszczy z 8 lipca 2008 r. (I SA/Bd 237/08).
Organy podatkowe zakwestionowały prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez kontrahenta podatnika. Określiły zobowiązanie podatkowe za poszczególne miesiące 2006 r. Stwierdziły, że czynność udokumentowana fakturą nie była faktycznie wykonana.
Podatnik złożył skargę do sądu. Wskazał w niej na braki w postępowaniu dowodowym. Jego zdaniem organy podatkowe nie wyjaśniły wszystkich wątpliwości. Przede wszystkim błędnie ustaliły stan faktyczny. Przyjęły, że czynności, które miały miejsce w 2005 r., zostały przeprowadzone dlatego tyko, że inny organ tak stwierdził i określił na tej podstawie zobowiązanie podatkowe (w wyniku przeprowadzonej kontroli). Czynności z 2006 r. uznały za nieistniejące, bo nie były one przedmiotem kontroli przeprowadzanej przez ten organ.
Sąd uchylił decyzję. Podkreślił, że fiskus ma prawo zakwestionować prawo do odliczenia VAT, gdy czynności udokumentowane fakturami nie były wykonane albo gdy faktury wystawił podmiot nieistniejący. Nie zwalnia go to jednak z prawidłowego przeprowadzenia postępowania dowodowego. Organy podatkowe przyjęły, że w 2005 r. czynności były wykonane przez kontrahenta właściwie tylko dlatego, że było określone zobowiązanie podatkowe przez inny organ, a już w następnym roku – ponieważ nie było takiej kontroli – stwierdziły, że czynności nie było. Zdaniem sądu materiał dowodowy zawierał sprzeczności, a organy podatkowe nie wyjaśniły wszystkich wątpliwości.
W świetle dyrektywy 2006/112/WE oraz przeważającej linii orzecznictwa polskiego sądownictwa zastosowanie art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a ustawy o VAT (zgodnie z którym nie stanowią podstawy do obniżenia podatku faktury wystawione przez podmiot nieistniejący lub nieuprawniony do wystawiania faktur) jest dopuszczalne, ale musi być poprzedzone wykazaniem, że z ogółu obiektywnych okoliczności danej sprawy wynika, że podatnik mógł przewidywać, iż transakcja ma na celu uzyskanie korzyści. Organy podatkowe są zatem zobowiązane do jednoznacznego ustalenia stanu faktycznego w tym zakresie.
