W związku z toczącym się postępowaniem sądowym zainicjowanym przez spółkę rozprowadzającą wyroby farmaceutyczne powstały wątpliwości co do takiej możliwości. Spółka uprawniona do odliczenia VAT naliczonego prowadzi sprzedaż m.in. na rzecz spółki powiązanej, zwolnionej z podatku VAT. Sprawia to, że ta druga nie odlicza VAT.
Spółki postanowiły założyć podatkową grupę kapitałową (PGK) w rozumieniu [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=33F3BAFCD94755F24578188AAF65F1FA?id=115893]ustawy o CIT[/link]. Dzięki temu, na podstawie art. 11 pkt 8, mogłyby dowolnie kształtować ceny we wzajemnych transakcjach. Miałoby to wpływ na wysokość obrotu spółek będącego podstawą opodatkowania VAT.
Spółka złożyła wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej. Zapytała, czy w odniesieniu do transakcji zawieranych pomiędzy spółkami tworzącymi PGK ma zastosowanie art. 32 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=33F3BAFCD94755F24578188AAF65F1FA?id=172827]ustawy o VAT[/link] dający organom podatkowym prawo weryfikacji cen ustalonych w transakcjach pomiędzy podmiotami pozostającymi wobec siebie w określonym związku.
Dyrektor izby skarbowej zajął stanowisko niekorzystne dla spółki. Potwierdził je [b]Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu (sygn. I SA/Po 1407/08). [/b]
Sąd stwierdził, że podatnik może wyłączyć jego stosowanie, składając wniosek do ministra finansów w celu zawarcia porozumienia w sprawach ustalenia cen transakcyjnych (tzw. APA – advance pricing agreement), przewidzianego w ordynacji podatkowej. Dzięki APA podatnik uzyskuje gwarancję, że stosowane przez niego ceny, ustalone zgodnie z umówionymi kryteriami, będą respektowane przez organy podatkowe.