Prowadząc kontrolę, organy podatkowe powinny przestrzegać ustalonych zasad. Wynikają one nie tylko z ordynacji podatkowej, ale również z ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Niestety, w praktyce różnie z tym bywa. Z punktu widzenia przedsiębiorców najistotniejsze jest to, aby dowody zgromadzone w toku nieprawidłowo przeprowadzonej kontroli nie mogły mu zaszkodzić.
W tym celu mogą powoływać się na przepisy ordynacji podatkowej, które mówią, że dokumenty z czynności kontrolnych nie mogą być wykorzystywane jako dowody w postępowaniu. Tak jest tylko w dwóch przypadkach:
- gdy kontrola została wszczęta na legitymację i upoważnienie do jej przeprowadzenia nie zostało doręczone w ciągu trzech dni od jej rozpoczęcia,
- gdy przeprowadzono czynności kontrolne po upływie terminu wskazanego w upoważnieniu do ich przeprowadzenia.