Państwo zobowiązało się regulować istotne sprawy (w tym finansowe) Kościołów, nie tylko zresztą katolickiego, w porozumieniu z ich władzami.
Konkordat przyjął (art. 22 ust. 2) za punkt wyjścia w sprawach finansowych instytucji i dóbr kościelnych oraz duchowieństwa obowiązujące wtedy ustawodawstwo polskie, choć przewidział komisję tzw. konkordatową, która zajmuje się koniecznymi zmianami i która nadal funkcjonuje.
Wprawdzie przed ratyfikacją w 1997 r. rząd ogłosił deklarację interpretującą niektóre jego zapisy, m.in., że konkordat uznaje określone ustawodawstwem polskim kompetencje państwa do regulowania kwestii finansowych i podatkowych kościelnych osób, ale i ona mówi o obowiązku państwa zapoznawania się z opinią strony kościelnej.
Można mieć wątpliwości, jak szeroko sięga ta deklaracja, ale późniejsze zachowanie rządu wskazuje, i jest to precedens, że honoruje prawo strony kościelnej. Otóż w 2004 r. rząd Marka Belki konsultował ze stroną kościelną zmiany dotyczące funduszu, ale nie uzyskał zgody i się z nich wycofał.
Z kolei Konstytucja Rzeczypospolitej Polskiej (art. 25 ust. 4 – 5) stanowi, że stosunki między RP a Kościołem katolickim określa konkordat i ustawy, a stosunki państwa z innymi Kościołami i związkami wyznaniowymi określają ustawy uchwalone na podstawie umów zawartych przez rząd z ich przedstawicielami. Nie miał co do tego wątpliwości rząd Donalda Tuska, gdy przed uchwaleniem ustawy z 13 maja 2011 r. o finansowaniu Prawosławnego Seminarium Duchownego w Warszawie z budżetu państwa (choć tam chodziło o nieporównanie mniejsze kwoty) w piśmie do Bronisława Komorowskiego, ówczesnego marszałka Sejmu, napisał, że nowa regulacja "powinna być poprzedzona zawarciem odpowiedniej umowy pomiędzy rządem RP a Świętym Soborem Biskupów Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego".
