Według wywiadowców ks. Boniecki miał też skrytykować polskich hierarchów, a zwłaszcza prymasa Glempa, za to, że udają, iż nie wiedzieli o "istnieniu prywatnego mieszkania Popiełuszki w Warszawie przy ul. Chłodnej", co z kolei wykorzystywała propaganda komunistyczna, publikując na ten temat sensacyjne artykuły w prasie. "Zdaniem Bonieckiego zachowanie J. Glempa w stosunku do "rzekomo" rozpolitykowanych kapłanów jest skandaliczne".
Wywiad PRL starał się na wszelkie sposoby potwierdzić te informacje. Dzięki sieci agenturalnej w Watykanie już kilka tygodni później Departament I ustalił, że stanowisko Jana Pawła II jest zbieżne z opinią zaprezentowaną przez ks. Bonieckiego. Papież miał zwlekać z przyjęciem kardynała Glempa, który 16 stycznia 1984 r. przybył do Watykanu. Zdaniem rezydentury Jan Paweł II miał pretensje do kardynała Glempa za zbytnią uległość wobec reżimu Jaruzelskiego, napominanie "rozpolitykowanych kapłanów" związanych z "Solidarnością", "autocenzurę", której dopuścił się, przygotowując tekst orędzia na Boże Narodzenie w 1983 r. oraz za wyrażoną w kazaniu z 6 stycznia 1984 r. jednostronną krytykę instalacji rakiet NATO w krajach zachodniej Europy bez przypomnienia, iż jest to reakcja na agresywne zamiary bloku sowieckiego wobec wolnego świata.
[srodtytul]Tonować watykańskie nastroje [/srodtytul]
Kiedy stało się jasne, że ksiądz Jerzy zginął zamordowany przez funkcjonariuszy SB, Departament I otrzymał zadanie rozpoznania stanowiska Stolicy Apostolskiej w tej sprawie. Od początku starano się również monitorować relacje pomiędzy prymasem Glempem a kurią rzymską i samym papieżem. Z zadowoleniem przyjęto wiadomość, że w rozmowach z duchownymi Glemp propaguje pogląd o "terroryzmie dwóch ekstrem – partyjnej i opozycyjnej", które próbują wykorzystać tragedię Popiełuszki przeciwko "linii politycznej gen. Jaruzelskiego".
W tej sytuacji cel działań wywiadowczych był jasny – uzyskać sprawdzone informacje, na ile skutecznie prymas tonuje nastroje panujące w Watykanie po śmierci ks. Popiełuszki, przedstawiając mord dokonany przez oficerów bezpieki jako prowokację wymierzoną w Jaruzelskiego. Meldunki wywiadowcze dokumentujące postawę kardynała Glempa oraz stanowisko Jana Pawła II i kurialistów w sprawie śmierci ks. Jerzego kierowano bezpośrednio na biurka generałów Jaruzelskiego i Kiszczaka.
Tak było m.in. w przypadku informacji dotyczącej rozmowy prymasa Glempa z papieżem 27 listopada 1984 r. w Watykanie. Opierając się na szyfrogramach przesłanych z Rzymu i informacjach, które na bieżąco przekazywał kontakt informacyjny "Prorok", dyrektor Departamentu I MSW gen. Zdzisław Sarewicz pisał: "Kardynał Glemp, omawiając sprawę porwania i zabicia ks. Popiełuszki, stwierdził, że był to gest "twardych komunistów" wymierzony przeciwko gen. Jaruzelskiemu osobiście. Potępiając tę prowokację, prymas położył zarazem duży nacisk na fakt, iż ks. Popiełuszko postępował nierozważnie i nie stosował się do rad i poleceń kierownictwa Kościoła".