Sytuacja pogorszyła się,gdy na początku 2007 r. prezesem NBP został Sławomir Skrzypek. Stosunki między nimi nie układały się od początku. Być może dlatego, że – zdaniem Pruskiego – polityka pieniężna powinna być prowadzona dosyć restrykcyjnie. Poglądy Skrzypka były inne.
W ułożeniu się współpracy prezesa i jego pierwszego zastępcy nie pomagał też zapewne charakter Jerzego Pruskiego. Jest on zaliczany do tzw. trudnych osób, bardzo upartych. Choć jest otwarty na dyskusje, niezwykle trudno przekonać go do zmiany zdania. Jeśli ktoś podejmuje decyzje wbrew jego opinii, nie boi się tego otwarcie krytykować.
Jego główne zainteresowania naukowe to makroekonomia, polityka monetarna, a także finanse i bankowość.
Ma 48 lat, tytuł doktora nauk ekonomicznych uzyskał na Uniwersytecie Łódzkim. W latach 1991 – 1997 pracował w LG Petro Bank, m.in. na stanowisku wiceprezesa zarządu banku. W latach 1998 – 2004 był członkiem Rady Polityki Pieniężnej. Co ciekawe, w tym czasie stosunki z ówczesnym prezesem NBP Leszkiem Balcerowiczem nie układały mu się najlepiej. Mimo to Balcerowicz wnioskował o powołanie go na swojego zastępcę. Tę funkcję pełnił od 25 marca 2004 r.
