Inwestor, który chce zalegalizować niezakończoną budowę, musi ponadto sporządzić projekt budowlany zawierający wszystkie niezbędne uzgodnienia. Przedłożenie tych dokumentów jest traktowane jak wniosek o zatwierdzenie projektu budowlanego i pozwolenie na wznowienie robót (jeśli są jeszcze do wykonania jakieś roboty).
Kiedy już przygotuje się komplet wymaganych dokumentów i przekaże je powiatowemu inspektorowi, ten sprawdzi, czy faktycznie spełnia się te warunki. Jeżeli inspektor dojdzie do wniosku, że tak, to ustali opłatę legalizacyjną, a po jej uregulowaniu przez zainteresowanego zalegalizuje samowolę.
Opłata jest bardzo wysoka. Ustawodawca celowo ją tak ustalił (patrz wywiad). Nierzadko bardziej się opłaca rozebrać nielegalny obiekt i postawić nowy po załatwieniu już niezbędnych formalności budowlanych. Dotyczy to obiektów wznoszonych na podstawie pozwolenia. Niższa stała opłata jest w wypadku inwestycji budowanych na zgłoszenie.
Przez prawie pół roku obowiązywały przepisy dotyczące samowoli budowlanych popełnionych między 1 stycznia 1995 r. a 11 lipca 2003 r. Wymusił je Trybunał Konstytucyjny, który dopatrzył się w przepisach przejściowych niezgodności z ustawą zasadniczą.