Ogólna zasada jest taka: nie możemy pytać o skutki podatkowe zdarzeń, którymi zajmuje się akurat kontrola podatkowa. Fiskus powinien jednak wydać interpretację, jeśli wniosek złożyliśmy jeszcze przed rozpoczęciem kontroli.
Potwierdza to wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 22 października 2007 r. (III SA/Wa 1147/07). Przyjrzyjmy się rozpatrywanej przez sąd sprawie. Spółka złożyła w lipcu 2006 r. wniosek o interpretację. Pytanie dotyczyło umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, powinien więc na nie odpowiedzieć minister finansów. Miał na to sześć miesięcy, ale w listopadzie 2006 r. w spółce została wszczęta kontrola podatkowa, m.in. w sprawie rozliczeń, o które pytała. Minister finansów uznał więc, że nie musi wydawać interpretacji. Nie miał racji, bo jak stwierdził WSA w Warszawie: „późniejsze wszczęcie wobec skarżącej kontroli podatkowej nie zwalniało organu pierwszej instancji od obowiązku udzielenia interpretacji”. Zdaniem sądu ograniczenie mówiące o tym, że nie można udzielić interpretacji w sprawie, w której toczy się kontrola lub postępowanie, dotyczy jedynie momentu złożenia zapytania. Tymczasem w tej sprawie, w dacie złożenia wniosku, w spółce nie było żadnej kontroli. Jej wszczęcie nastąpiło już po wpłynięciu wniosku o interpretację. Oznacza to, że na dzień złożenia wniosku nie istniały żadne przesłanki obligujące organ podatkowy do odmowy wszczęcia postępowania w sprawie interpretacji.
Do podobnych wniosków doszła Izba Skarbowa w Kielcach w decyzji z 10 lipca 2006 r. (PP1-443/83/2006), w której przyznała rację podatnikowi skarżącemu interpretację urzędu skarbowego. Sprawa wyglądała tak: spółka komandytowa zapytała w styczniu o rozliczenia podatku VAT. Urząd 4 kwietnia wszczął w tej sprawie kontrolę, a 11 kwietnia wydał postanowienie, w którym stwierdził, że nie może odpowiedzieć na pytanie podatnika, ponieważ w firmie trwa kontrola. Tak nie można robić, co potwierdziła izba skarbowa. Podkreśliła, że w dniu złożenia wniosku w firmie nie było kontroli. W związku z tym wniosek strony powinien być rozpatrzony merytorycznie, czego wymaga zasada zaufania do organu podatkowego.
Warto przypomnieć, że o obowiązku jej przestrzegania wspomniał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 7 sierpnia 2003 r. (I SA/Po 2562/01). Sąd podkreślił, że w świetle art. 2 Konstytucji RP i art. 121 ordynacji podatkowej podatnik nie może ponosić negatywnych konsekwencji, gdy organ nie udzieli odpowiedzi na pytanie o interpretację, a następnie rozpocznie postępowanie kontrolne.
Tym problemem zajął się też minister finansów w piśmie z 9 marca 2005 r. (odpowiedź na interpelację poselską). Czytamy w nim: „Żaden przepis prawa nie zakazuje organom podatkowym wszczynania kontroli podatkowej w sytuacji złożenia wniosku o interpretację. W praktyce mogą więc wystąpić pojedyncze przypadki zbiegu kontroli i postępowania w sprawie interpretacji przepisów prawa podatkowego”. Minister uspokaja jednak: „Ustalenia kontroli w żaden sposób nie mogą być traktowane jako instrument ograniczający ocenę prawną stanowiska pytającego przez organ podatkowy (...) wszczęcie kontroli po złożeniu wniosku o interpretację nie czyni go bezprzedmiotowym i nie zwalnia organu podatkowego z obowiązku wydania postanowienia w tej sprawie”.