Wystąpił o to rzecznik praw obywatelskich, a Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uwzględnił skargę (sygnatura akt: II SA/Wa 1567/12).
WSI przestały istnieć w 2006 r. Powołano komisję likwidacyjną, a 16 lutego 2007 r. w Monitorze Polskim został opublikowany raport o likwidacji WSI.
Wkrótce potem rzecznik praw obywatelskich zwrócił się do GIODO o ocenę zamieszczenia w raporcie w kilku wypadkach tzw. danych wrażliwych (m.in. o stanie zdrowia). Inspektor uznał, że nie ma takich kompetencji, i przekazał sprawę właśnie rzecznikowi. Spór zakończyły dopiero wyroki WSA i Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Sprawa wróciła do generalnego inspektora ochrony danych osobowych, a obecnie do WSA. Prof. Irena Lipowicz, obecny rzecznik praw obywatelskich, zaskarżyła do sądu decyzje GIODO z 2012 r. o braku podstaw do ingerencji tego organu.
– Raport powstał na podstawie materiałów komisji likwidacyjnej, będących informacjami niejawnymi, opatrzonymi klauzulą „ściśle tajne" – wyjaśniał w sądzie radca prawny Michał Bałdyga, pełnomocnik GIODO.