Khashoggi zginął 2 października - został wówczas zamordowany na terenie saudyjskiego konsulatu w Stambule, do którego przyszedł po dokumenty niezbędne mu do zawarcia małżeństwa ze swoją turecką narzeczoną.
Arabia Saudyjska przez dwa tygodnie utrzymywała, że Khashoggi opuścił konsulat żywy, po czym przyznała, że rezydent USA, publicysta "Washington Post" zginął w wyniku bójki do jakiej doszło między nim a osobami znajdującym się w konsulacie.
Śledztwo prowadzone przez stronę turecką wykazało jednak, iż zabójstwo Khashoggiego zostało zaplanowane. Według ustaleń amerykańskiej CIA o zabójstwie wiedział, lub nawet je zlecił, saudyjski następca tronu książę Muhammad bin Salman (zabójcy mieli kontaktować się po dokonaniu zbrodni z jego bliskim doradcą). Rijad odrzuca te oskarżenia.
Ciała dziennikarza nie znaleziono do dziś. Z ustaleń śledztwa wynika, że Khashoggi został uduszony i poćwiartowany, a jego szczątki mogły zostać rozpuszczone w kwasie.
